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Structure paper

タイトルStructural journey of an insecticidal protein against western corn rootworm.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 4171, Year 2023
掲載日2023年7月13日
著者Guendalina Marini / Brad Poland / Chris Leininger / Natalya Lukoyanova / Dan Spielbauer / Jennifer K Barry / Dan Altier / Amy Lum / Eric Scolaro / Claudia Pérez Ortega / Nasser Yalpani / Gary Sandahl / Tim Mabry / Jeffrey Klever / Timothy Nowatzki / Jian-Zhou Zhao / Amit Sethi / Adane Kassa / Virginia Crane / Albert L Lu / Mark E Nelson / Narayanan Eswar / Maya Topf / Helen R Saibil /
PubMed 要旨The broad adoption of transgenic crops has revolutionized agriculture. However, resistance to insecticidal proteins by agricultural pests poses a continuous challenge to maintaining crop productivity ...The broad adoption of transgenic crops has revolutionized agriculture. However, resistance to insecticidal proteins by agricultural pests poses a continuous challenge to maintaining crop productivity and new proteins are urgently needed to replace those utilized for existing transgenic traits. We identified an insecticidal membrane attack complex/perforin (MACPF) protein, Mpf2Ba1, with strong activity against the devastating coleopteran pest western corn rootworm (WCR) and a novel site of action. Using an integrative structural biology approach, we determined monomeric, pre-pore and pore structures, revealing changes between structural states at high resolution. We discovered an assembly inhibition mechanism, a molecular switch that activates pre-pore oligomerization upon gut fluid incubation and solved the highest resolution MACPF pore structure to-date. Our findings demonstrate not only the utility of Mpf2Ba1 in the development of biotechnology solutions for protecting maize from WCR to promote food security, but also uncover previously unknown mechanistic principles of bacterial MACPF assembly.
リンクNat Commun / PubMed:37443175 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.134 - 3.1 Å
構造データ

15882

8b6v

EMDB-15882, PDB-8b6v:
Mp2Ba1 pre-pore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

15883

8b6w

EMDB-15883, PDB-8b6w:
Mpf2Ba1 pore
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

PDB-8b6u:
Mpf2Ba1 monomer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.134 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • pseudomonas monteilii (バクテリア)
キーワードTOXIN / monomer / pore-forming protein / MACPF / insecticidal / oligomer / pre-pore / pesticide / pore

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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