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タイトルStructure and mechanism of a tripartite ATP-independent periplasmic TRAP transporter.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 1120, Year 2023
掲載日2023年2月27日
著者James S Davies / Michael J Currie / Rachel A North / Mariafrancesca Scalise / Joshua D Wright / Jack M Copping / Daniela M Remus / Ashutosh Gulati / Dustin R Morado / Sam A Jamieson / Michael C Newton-Vesty / Gayan S Abeysekera / Subramanian Ramaswamy / Rosmarie Friemann / Soichi Wakatsuki / Jane R Allison / Cesare Indiveri / David Drew / Peter D Mace / Renwick C J Dobson /
PubMed 要旨In bacteria and archaea, tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters uptake essential nutrients. TRAP transporters receive their substrates via a secreted soluble substrate-binding ...In bacteria and archaea, tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporters uptake essential nutrients. TRAP transporters receive their substrates via a secreted soluble substrate-binding protein. How a sodium ion-driven secondary active transporter is strictly coupled to a substrate-binding protein is poorly understood. Here we report the cryo-EM structure of the sialic acid TRAP transporter SiaQM from Photobacterium profundum at 2.97 Å resolution. SiaM comprises a "transport" domain and a "scaffold" domain, with the transport domain consisting of helical hairpins as seen in the sodium ion-coupled elevator transporter VcINDY. The SiaQ protein forms intimate contacts with SiaM to extend the size of the scaffold domain, suggesting that TRAP transporters may operate as monomers, rather than the typically observed oligomers for elevator-type transporters. We identify the Na and sialic acid binding sites in SiaM and demonstrate a strict dependence on the substrate-binding protein SiaP for uptake. We report the SiaP crystal structure that, together with docking studies, suggest the molecular basis for how sialic acid is delivered to the SiaQM transporter complex. We thus propose a model for substrate transport by TRAP proteins, which we describe herein as an 'elevator-with-an-operator' mechanism.
リンクNat Commun / PubMed:36849793 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.04 - 3.03 Å
構造データ

13968

7qha

EMDB-13968, PDB-7qha:
Cryo-EM structure of the Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter SiaQM from Photobacterium profundum in amphipol
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

15775

8b01

EMDB-15775, PDB-8b01:
Cryo-EM structure of the Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) transporter SiaQM from Photobacterium profundum in a nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

PDB-7t3e:
Structure of the sialic acid bound Tripartite ATP-independent Periplasmic (TRAP) periplasmic component SiaP from Photobacterium profundum
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.04 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-SLB:
N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-アセチル-β-ノイラミン酸

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

ChemComp-TWT:
DOCOSANE / ドコサン

ChemComp-D10:
DECANE / デカン

ChemComp-TRD:
TRIDECANE / トリデカン

ChemComp-HEX:
HEXANE / ヘキサン

由来
  • photobacterium profundum (バクテリア)
  • helicobacter pylori (ピロリ菌)
  • photobacterium profundum ss9 (バクテリア)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TRAP / elevator / secondary transporter / sialic acid / Periplasmic SBP / TRAP transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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