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タイトルSensing of individual stalled 80S ribosomes by Fap1 for nonfunctional rRNA turnover.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 82, Issue 18, Page 3424-33437.e8, Year 2022
掲載日2022年9月15日
著者Sihan Li / Ken Ikeuchi / Misaki Kato / Robert Buschauer / Takato Sugiyama / Shungo Adachi / Hideo Kusano / Tohru Natsume / Otto Berninghausen / Yoshitaka Matsuo / Thomas Becker / Roland Beckmann / Toshifumi Inada /
PubMed 要旨Cells can respond to stalled ribosomes by sensing ribosome collisions and employing quality control pathways. How ribosome stalling is resolved without collisions, however, has remained elusive. ...Cells can respond to stalled ribosomes by sensing ribosome collisions and employing quality control pathways. How ribosome stalling is resolved without collisions, however, has remained elusive. Here, focusing on noncolliding stalling exhibited by decoding-defective ribosomes, we identified Fap1 as a stalling sensor triggering 18S nonfunctional rRNA decay via polyubiquitination of uS3. Ribosome profiling revealed an enrichment of Fap1 at the translation initiation site but also an association with elongating individual ribosomes. Cryo-EM structures of Fap1-bound ribosomes elucidated Fap1 probing the mRNA simultaneously at both the entry and exit channels suggesting an mRNA stasis sensing activity, and Fap1 sterically hinders the formation of canonical collided di-ribosomes. Our findings indicate that individual stalled ribosomes are the potential signal for ribosome dysfunction, leading to accelerated turnover of the ribosome itself.
リンクMol Cell / PubMed:36113412
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 5.8 Å
構造データ

14990

7zw0

EMDB-14990, PDB-7zw0:
FAP-80S Complex - Rotated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-14992: FAP-80S Complex - Non-rotated state with empty A site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-14994: FAP-80S Complex - Non-rotated state with eRF1-ABCE1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-15655: A Consensus Map of Yeast FAP-80S Complex in Rotated State.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-15656: Yeast FAP-80S Complex in Rotated State - Body 1 - 60S subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-15657: Yeast FAP-80S in rotated state - Body 3 - 40S head and Fap1-Fpr1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-15658: Local refined map of Fap1-arm and Yil161w/Smu2 of yeast FAP-80S complex in rotated state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-15659: Local refined map of Fap1 RING-finger domain with partial 40S subunit of yeast FAP-80S complex in rotated state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-15660: Yeast FAP-80S Complex in Rotated State - Body 2 - 40S body with Fap1 R3H domain.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン / スペルミジン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae w303 (パン酵母)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / NRD / Ubiquitination (ユビキチン) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) / Quality Control System

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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