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タイトルImmunoglobulin M perception by FcμR.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 615, Issue 7954, Page 907-912, Year 2023
掲載日2023年3月22日
著者Yaxin Li / Hao Shen / Ruixue Zhang / Chenggong Ji / Yuxin Wang / Chen Su / Junyu Xiao /
PubMed 要旨Immunoglobulin M (IgM) is the first antibody to emerge during embryonic development and the humoral immune response. IgM can exist in several distinct forms, including monomeric, membrane-bound IgM ...Immunoglobulin M (IgM) is the first antibody to emerge during embryonic development and the humoral immune response. IgM can exist in several distinct forms, including monomeric, membrane-bound IgM within the B cell receptor (BCR) complex, pentameric and hexameric IgM in serum and secretory IgM on the mucosal surface. FcμR, the only IgM-specific receptor in mammals, recognizes different forms of IgM to regulate diverse immune responses. However, the underlying molecular mechanisms remain unknown. Here we delineate the structural basis of the FcμR-IgM interaction by crystallography and cryo-electron microscopy. We show that two FcμR molecules interact with a Fcμ-Cμ4 dimer, suggesting that FcμR can bind to membrane-bound IgM with a 2:1 stoichiometry. Further analyses reveal that FcμR-binding sites are accessible in the context of IgM BCR. By contrast, pentameric IgM can recruit four FcμR molecules to bind on the same side and thereby facilitate the formation of an FcμR oligomer. One of these FcμR molecules occupies the binding site of the secretory component. Nevertheless, four FcμR molecules bind to the other side of secretory component-containing secretory IgM, consistent with the function of FcμR in the retrotransport of secretory IgM. These results reveal intricate mechanisms of IgM perception by FcμR.
リンクNature / PubMed:36949194
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3 - 3.71 Å
構造データ

34074

7ysg

EMDB-34074, PDB-7ysg:
Cryo-EM structure of human FcmR bound to sIgM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

34085

7ytc

EMDB-34085, PDB-7ytc:
Cryo-EM structure of human FcmR bound to IgM-Fc/J
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

34086

7ytd

EMDB-34086, PDB-7ytd:
Cryo-EM structure of four human FcmR bound to IgM-Fc/J
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

PDB-7yte:
crystal structure of human FcmR-D1 bound to IgM C4-domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobin M / FcmR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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