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Structure paper

タイトルStructural basis for intrinsic transcription termination.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 613, Issue 7945, Page 783-789, Year 2023
掲載日2023年1月11日
著者Linlin You / Expery O Omollo / Chengzhi Yu / Rachel A Mooney / Jing Shi / Liqiang Shen / Xiaoxian Wu / Aijia Wen / Dingwei He / Yuan Zeng / Yu Feng / Robert Landick / Yu Zhang /
PubMed 要旨Efficient and accurate termination is required for gene transcription in all living organisms. Cellular RNA polymerases in both bacteria and eukaryotes can terminate their transcription through a ...Efficient and accurate termination is required for gene transcription in all living organisms. Cellular RNA polymerases in both bacteria and eukaryotes can terminate their transcription through a factor-independent termination pathway-called intrinsic termination transcription in bacteria-in which RNA polymerase recognizes terminator sequences, stops nucleotide addition and releases nascent RNA spontaneously. Here we report a set of single-particle cryo-electron microscopy structures of Escherichia coli transcription intrinsic termination complexes representing key intermediate states of the event. The structures show how RNA polymerase pauses at terminator sequences, how the terminator RNA hairpin folds inside RNA polymerase, and how RNA polymerase rewinds the transcription bubble to release RNA and then DNA. These macromolecular snapshots define a structural mechanism for bacterial intrinsic termination and a pathway for RNA release and DNA collapse that is relevant for factor-independent termination by all RNA polymerases.
リンクNature / PubMed:36631609 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.05 - 3.58 Å
構造データ

33996

7yp9

EMDB-33996, PDB-7yp9:
Cryo-EM structure of Escherichia coli paused complex of transcription termination (TTC-pause)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

33997

7ypa

EMDB-33997, PDB-7ypa:
Cryo-EM structure of Escherichia coli hairpin-nucleation complex of transcription termination (TTC-hairpin)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

33998

7ypb

EMDB-33998, PDB-7ypb:
Cryo-EM structure of Escherichia coli release complex of transcription termination (TTC-release)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA/RNA / Termination / Intrinsic termination / U-tract pause / Transcription pause / Factor-independent termination / TRANSCRIPTION-DNA-RNA COMPLEX / Hairpin nucleation / Pre-termination / TRANSCRIPTION//DNA/RNA / RNA release / Transcription bubble rewinding / TRANSCRIPTION--DNA-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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