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Structure paper

タイトルMechanism underlying delayed rectifying in human voltage-mediated activation Eag2 channel.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 1470, Year 2023
掲載日2023年3月16日
著者Mingfeng Zhang / Yuanyue Shan / Duanqing Pei /
PubMed 要旨The transmembrane voltage gradient is a general physico-chemical cue that regulates diverse biological function through voltage-gated ion channels. How voltage sensing mediates ion flows remains ...The transmembrane voltage gradient is a general physico-chemical cue that regulates diverse biological function through voltage-gated ion channels. How voltage sensing mediates ion flows remains unknown at the molecular level. Here, we report six conformations of the human Eag2 (hEag2) ranging from closed, pre-open, open, and pore dilation but non-conducting states captured by cryo-electron microscopy (cryo-EM). These multiple states illuminate dynamics of the selectivity filter and ion permeation pathway with delayed rectifier properties and Cole-Moore effect at the atomic level. Mechanistically, a short S4-S5 linker is coupled with the constrict sites to mediate voltage transducing in a non-domain-swapped configuration, resulting transitions for constrict sites of F464 and Q472 from gating to open state stabilizing for voltage energy transduction. Meanwhile, an additional potassium ion occupied at positions S6 confers the delayed rectifier property and Cole-Moore effects. These results provide insight into voltage transducing and potassium current across membrane, and shed light on the long-sought Cole-Moore effects.
リンクNat Commun / PubMed:36928654 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 3.8 Å
構造データ

33855

7yid

EMDB-33855, PDB-7yid:
Human KCNH5 closed state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

33856

7yie

EMDB-33856, PDB-7yie:
Human KCNH5-closed state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

33857

7yif

EMDB-33857, PDB-7yif:
Human KCNH5 pre-open state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

33858

7yig

EMDB-33858, PDB-7yig:
Human KCNH5 pre-open state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

33859

7yih

EMDB-33859, PDB-7yih:
Human KCNH5 open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

33860

7yij

EMDB-33860, PDB-7yij:
Human KCNH5 pore dilation but the non-conducting state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Potassium Channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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