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タイトルStructures of a mammalian TRPM8 in closed state.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 3113, Year 2022
掲載日2022年6月3日
著者Cheng Zhao / Yuan Xie / Lizhen Xu / Fan Ye / Ximing Xu / Wei Yang / Fan Yang / Jiangtao Guo /
PubMed 要旨Transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) channel is a Ca-permeable non-selective cation channel that acts as the primary cold sensor in humans. TRPM8 is also activated by ligands such as ...Transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) channel is a Ca-permeable non-selective cation channel that acts as the primary cold sensor in humans. TRPM8 is also activated by ligands such as menthol, icilin, and phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP), and desensitized by Ca. Here we have determined electron cryo-microscopy structures of mouse TRPM8 in the absence of ligand, and in the presence of Ca and icilin at 2.5-3.2 Å resolution. The ligand-free state TRPM8 structure represents the full-length structure of mammalian TRPM8 channels with a canonical S4-S5 linker and the clearly resolved selectivity filter and outer pore loop. TRPM8 has a short but wide selectivity filter which may account for its permeability to hydrated Ca. Ca and icilin bind in the cytosolic-facing cavity of the voltage-sensing-like domain of TRPM8 but induce little conformational change. All the ligand-bound TRPM8 structures adopt the same closed conformation as the ligand-free structure. This study reveals the overall architecture of mouse TRPM8 and the structural basis for its ligand recognition.
リンクNat Commun / PubMed:35662242 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.52 - 3.21 Å
構造データ

32720

7wra

EMDB-32720, PDB-7wra:
Mouse TRPM8 in LMNG in ligand-free state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

32721

7wrb

EMDB-32721, PDB-7wrb:
Mouse TRPM8 in LMNG in the presence of calcium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

32722

7wrc

EMDB-32722, PDB-7wrc:
Mouse TRPM8 in LMNG in the presence of calcium, icilin and PI(4,5)P2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

32723

7wrd

EMDB-32723, PDB-7wrd:
Mouse TRPM8 in LMNG in the presence of calcium and icilin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

32724

7wre

EMDB-32724, PDB-7wre:
Mouse TRPM8 in lipid nanodiscs in the presence of calcium and icilin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.52 Å

32725

7wrf

EMDB-32725, PDB-7wrf:
Mouse TRPM8 in lipid nanodiscs in the presence of calcium, icilin and PI(4,5)P2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-KX7:
Icilin / アゴニスト*YM

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TRPM8

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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