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Structure paper

タイトルRearrangement of a unique Kv1.3 selectivity filter conformation upon binding of a drug.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 119, Issue 5, Year 2022
掲載日2022年2月1日
著者Anu Tyagi / Tofayel Ahmed / Shi Jian / Saumya Bajaj / Seow Theng Ong / Stephanie Shee Min Goay / Yue Zhao / Igor Vorobyov / Changlin Tian / K George Chandy / Shashi Bhushan /
PubMed 要旨We report two structures of the human voltage-gated potassium channel (Kv) Kv1.3 in immune cells alone (apo-Kv1.3) and bound to an immunomodulatory drug called dalazatide (dalazatide-Kv1.3). Both the ...We report two structures of the human voltage-gated potassium channel (Kv) Kv1.3 in immune cells alone (apo-Kv1.3) and bound to an immunomodulatory drug called dalazatide (dalazatide-Kv1.3). Both the apo-Kv1.3 and dalazatide-Kv1.3 structures are in an activated state based on their depolarized voltage sensor and open inner gate. In apo-Kv1.3, the aromatic residue in the signature sequence (Y447) adopts a position that diverges 11 Å from other K channels. The outer pore is significantly rearranged, causing widening of the selectivity filter and perturbation of ion binding within the filter. This conformation is stabilized by a network of intrasubunit hydrogen bonds. In dalazatide-Kv1.3, binding of dalazatide to the channel's outer vestibule narrows the selectivity filter, Y447 occupies a position seen in other K channels, and this conformation is stabilized by a network of intersubunit hydrogen bonds. These remarkable rearrangements in the selectivity filter underlie Kv1.3's transition into the drug-blocked state.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:35091471 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.9 Å
構造データ

32459

7wf3

EMDB-32459, PDB-7wf3:
Composite map of human Kv1.3 channel in apo state with beta subunits
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

32460

7wf4

EMDB-32460, PDB-7wf4:
Composite map of human Kv1.3 channel in dalazatide-bound state with beta subunits
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-32486:
TM domain of human Kv1.3 channel in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-32487:
T1 domain of human Kv1.3 channel in apo state with Beta subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-32488:
TM domain of human Kv1.3 channel in dalazatide-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-32489:
T1 domain of human Kv1.3 channel in dalazatide-bound state with Beta subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-32494:
C1 map of TM domain of human Kv1.3 channel in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-32495:
C1 map of TM domain of human Kv1.3 channel in dalazatide-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel / Kv channel / Potassium channel / Peptide toxin / ShK / Dalazatide / Selectivity filter / Molecular dynamics simulation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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