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タイトルInsights into the inhibition of type I-F CRISPR-Cas system by a multifunctional anti-CRISPR protein AcrIF24.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 1931, Year 2022
掲載日2022年4月11日
著者Lingguang Yang / Laixing Zhang / Peipei Yin / Hao Ding / Yu Xiao / Jianwei Zeng / Wenhe Wang / Huan Zhou / Qisheng Wang / Yi Zhang / Zeliang Chen / Maojun Yang / Yue Feng /
PubMed 要旨CRISPR-Cas systems are prokaryotic adaptive immune systems and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to counteract these systems. Here, we report the structures of AcrIF24 and its complex with the ...CRISPR-Cas systems are prokaryotic adaptive immune systems and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to counteract these systems. Here, we report the structures of AcrIF24 and its complex with the crRNA-guided surveillance (Csy) complex. The HTH motif of AcrIF24 can bind the Acr promoter region and repress its transcription, suggesting its role as an Aca gene in self-regulation. AcrIF24 forms a homodimer and further induces dimerization of the Csy complex. Apart from blocking the hybridization of target DNA to the crRNA, AcrIF24 also induces the binding of non-sequence-specific dsDNA to the Csy complex, similar to AcrIF9, although this binding seems to play a minor role in AcrIF24 inhibitory capacity. Further structural and biochemical studies of the Csy-AcrIF24-dsDNA complexes and of AcrIF24 mutants reveal that the HTH motif of AcrIF24 and the PAM recognition loop of the Csy complex are structural elements essential for this non-specific dsDNA binding. Moreover, AcrIF24 and AcrIF9 display distinct characteristics in inducing non-specific DNA binding. Together, our findings highlight a multifunctional Acr and suggest potential wide distribution of Acr-induced non-specific DNA binding.
リンクNat Commun / PubMed:35411005 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.1 - 3.2 Å
構造データ

31185

7elm

EMDB-31185, PDB-7elm:
Structure of Csy-AcrIF24
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

31186

7eln

EMDB-31186, PDB-7eln:
Structure of Csy-AcrIF24-dsDNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-32387: Csy1 region of the Csy-AcrIF24-dsDNA(non-sequence-specific) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

32440

7we6

EMDB-32440, PDB-7we6:
Structure of Csy-AcrIF24-dsDNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

PDB-7dtr:
Structure of an AcrIF protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
キーワードVIRAL PROTEIN / HTH motif / protein interaction / IMMUNE SYSTEM/RNA / complex / inhibitor / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA complex / IMMUNE SYSTEM/RNA/DNA / IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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