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Structure paper

タイトルCryo-EM structures of GroEL:ES with RuBisCO visualize molecular contacts of encapsulated substrates in a double-cage chaperonin.
ジャーナル・号・ページiScience, Vol. 25, Issue 1, Page 103704, Year 2022
掲載日2022年1月21日
著者Hyunmin Kim / Junsun Park / Seyeon Lim / Sung-Hoon Jun / Mingyu Jung / Soung-Hun Roh /
PubMed 要旨The GroEL/GroES chaperonin system assists the folding of many proteins, through conformational transitions driven by ATP hydrolysis. Although structural information about bullet-shaped GroEL:ES ...The GroEL/GroES chaperonin system assists the folding of many proteins, through conformational transitions driven by ATP hydrolysis. Although structural information about bullet-shaped GroEL:ES complexes has been extensively reported, the substrate interactions of another functional complex, the football-shaped GroEL:ES, remain elusive. Here, we report single-particle cryo-EM structures of reconstituted wild-type GroEL:ES complexes with a chemically denatured substrate, ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase oxygenase (RuBisCO). Our structures demonstrate that native-like folded RuBisCO density is captured at the lower part of the GroEL chamber and that GroEL's bulky hydrophobic residues Phe281, Tyr360, and Phe44 contribute to direct contact with RuBisCO density. In addition, our analysis found that GroEL:ES can be occupied by two substrates simultaneously, one in each chamber. Together, these observations provide insights to the football-shaped GroEL:ES complex as a functional state to assist the substrate folding with visualization.
リンクiScience / PubMed:35036883 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度7.6 Å
構造データ

32164

7vwx

EMDB-32164, PDB-7vwx:
CryoEM structure of football-shaped GroEL:ES2 with RuBisCO
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • rhodospirillum rubrum atcc 11170 (バクテリア)
キーワードCHAPERONE / GroEL/ES system / substrate folding / folding assistance

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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