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タイトルMolecular basis of SARS-CoV-2 Omicron variant evasion from shared neutralizing antibody response.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 31, Issue 7, Page 801-811.e5, Year 2023
掲載日2023年7月6日
著者Anamika Patel / Sanjeev Kumar / Lilin Lai / Chennareddy Chakravarthy / Rajesh Valanparambil / Elluri Seetharami Reddy / Kamalvishnu Gottimukkala / Prashant Bajpai / Dinesh Ravindra Raju / Venkata Viswanadh Edara / Meredith E Davis-Gardner / Susanne Linderman / Kritika Dixit / Pragati Sharma / Grace Mantus / Narayanaiah Cheedarla / Hans P Verkerke / Filipp Frank / Andrew S Neish / John D Roback / Carl W Davis / Jens Wrammert / Rafi Ahmed / Mehul S Suthar / Amit Sharma / Kaja Murali-Krishna / Anmol Chandele / Eric A Ortlund /
PubMed 要旨Understanding the molecular features of neutralizing epitopes is important for developing vaccines/therapeutics against emerging SARS-CoV-2 variants. We describe three monoclonal antibodies (mAbs) ...Understanding the molecular features of neutralizing epitopes is important for developing vaccines/therapeutics against emerging SARS-CoV-2 variants. We describe three monoclonal antibodies (mAbs) generated from COVID-19 recovered individuals during the first wave of the pandemic in India. These mAbs had publicly shared near germline gene usage and potently neutralized Alpha and Delta, poorly neutralized Beta, and failed to neutralize Omicron BA.1 SARS-CoV-2 variants. Structural analysis of these mAbs in complex with trimeric spike protein showed that all three mAbs bivalently bind spike with two mAbs targeting class 1 and one targeting a class 4 receptor binding domain epitope. The immunogenetic makeup, structure, and function of these mAbs revealed specific molecular interactions associated with the potent multi-variant binding/neutralization efficacy. This knowledge shows how mutational combinations can affect the binding or neutralization of an antibody, which in turn relates to the efficacy of immune responses to emerging SARS-CoV-2 escape variants.
リンクStructure / PubMed:37167972 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.82 - 4.4 Å
構造データ

26263

7u0q

EMDB-26263, PDB-7u0q:
SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-02
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.86 Å

26267

7u0x

EMDB-26267, PDB-7u0x:
SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-13
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.82 Å

26656

7uow

EMDB-26656, PDB-7uow:
SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 034_32
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-Cov2 6P spike protein / immune complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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