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Structure paper

タイトルAnionic lipids unlock the gates of select ion channels in the pacemaker family.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 29, Issue 11, Page 1092-1100, Year 2022
掲載日2022年11月9日
著者Philipp A M Schmidpeter / Di Wu / Jan Rheinberger / Paul M Riegelhaupt / Haiping Tang / Carol V Robinson / Crina M Nimigean /
PubMed 要旨Lipids play important roles in regulating membrane protein function, but the molecular mechanisms used are elusive. Here we investigated how anionic lipids modulate SthK, a bacterial pacemaker ...Lipids play important roles in regulating membrane protein function, but the molecular mechanisms used are elusive. Here we investigated how anionic lipids modulate SthK, a bacterial pacemaker channel homolog, and HCN2, whose activity contributes to pacemaking in the heart and brain. Using SthK allowed the reconstitution of purified channels in controlled lipid compositions for functional and structural assays that are not available for the eukaryotic channels. We identified anionic lipids bound tightly to SthK and their exact binding locations and determined that they potentiate channel activity. Cryo-EM structures in the most potentiating lipids revealed an open state and identified a nonannular lipid bound with its headgroup near an intersubunit salt bridge that clamps the intracellular channel gate shut. Breaking this conserved salt bridge abolished lipid modulation in SthK and eukaryotic HCN2 channels, indicating that anionic membrane lipids facilitate channel opening by destabilizing these interactions. Our findings underline the importance of state-dependent protein-lipid interactions.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:36352139 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.41 - 3.6 Å
構造データ

25916

7tj5

EMDB-25916, PDB-7tj5:
SthK closed state, cAMP-bound in the presence of POPA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.41 Å

25917

7tj6

EMDB-25917, PDB-7tj6:
SthK open state, cAMP-bound in the presence of POPA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

25981

7tkt

EMDB-25981, PDB-7tkt:
SthK closed state, cAMP-bound in the presence of detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-CMP:
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP

ChemComp-D21:
(2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate

ChemComp-PGW:
(1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl / POPG / リン脂質*YM

由来
  • Spirochaeta thermophila (strain ATCC 700085 / DSM 6578 / Z-1203) (バクテリア)
  • spirochaeta thermophila dsm 6578 (バクテリア)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / cyclic nucleotide-gated channel / lipid modulation / pacemaker channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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