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タイトルCa inactivation of the mammalian ryanodine receptor type 1 in a lipidic environment revealed by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 11, Year 2022
掲載日2022年3月8日
著者Ashok R Nayak / Montserrat Samsó /
PubMed 要旨Activation of the intracellular Ca channel ryanodine receptor (RyR) triggers a cytosolic Ca surge, while elevated cytosolic Ca inhibits the channel in a negative feedback mechanism. Cryogenic ...Activation of the intracellular Ca channel ryanodine receptor (RyR) triggers a cytosolic Ca surge, while elevated cytosolic Ca inhibits the channel in a negative feedback mechanism. Cryogenic electron microscopy of rabbit RyR1 embedded in nanodiscs under partially inactivating Ca conditions revealed an open and a closed-inactivated conformation. Ca binding to the high-affinity site engages the central and C-terminal domains into a block, which pries the S6 four-helix bundle open. Further rotation of this block pushes S6 toward the central axis, closing (inactivating) the channel. Main characteristics of the Ca-inactivated conformation are downward conformation of the cytoplasmic assembly and tightly knit subunit interface contributed by a fully occupied Ca activation site, two inter-subunit resolved lipids, and two salt bridges between the EF hand domain and the S2-S3 loop validated by disease-causing mutations. The structural insight illustrates the prior Ca activation prerequisite for Ca inactivation and provides for a seamless transition from inactivated to closed conformations.
リンクElife / PubMed:35257661 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 4.3 Å
構造データ

EMDB-22597:
Focused cryo-EM map of rabbit RyR1 central and transmembrane domains in the presence of AMP-PCP in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

22616

7k0t

EMDB-22616, PDB-7k0t:
Cryo-EM structure of rabbit RyR1 in the presence of AMP-PCP in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

25828

7tdg

EMDB-25828, PDB-7tdg:
Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ embedded in nanodisc in inactivated conformation (Dataset-A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

25829

7tdh

EMDB-25829, PDB-7tdh:
Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ embedded in nanodisc in open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

25830

7tdi

EMDB-25830, PDB-7tdi:
Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ embedded in nanodisc in closed-inactivated conformation class 2 (Dataset-A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

25831

7tdj

EMDB-25831, PDB-7tdj:
Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ embedded in nanodisc in closed-inactivated conformation class 1(Dataset-A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

25832

7tdk

EMDB-25832, PDB-7tdk:
Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ embedded in nanodisc in closed-inactivated conformation class 3 (Dataset-A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-25833:
Rabbit RyR1 with AMP-PCP and high Ca2+ embedded in nanodisc in inactivated conformation (Dataset-B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

化合物

ChemComp-ACP:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / β,γ-メチレンATP / AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • rabbit (ウサギ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ryanodine Receptor / RyR1 / Intracellular Calcium channel / Excitation-Contraction coupling / ATP / Ca2+ / Inactivation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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