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Structure paper

タイトルStructural basis for activation and gating of IP receptors.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 1408, Year 2022
掲載日2022年3月17日
著者Emily A Schmitz / Hirohide Takahashi / Erkan Karakas /
PubMed 要旨A pivotal component of the calcium (Ca) signaling toolbox in cells is the inositol 1,4,5-triphosphate (IP) receptor (IPR), which mediates Ca release from the endoplasmic reticulum (ER), controlling ...A pivotal component of the calcium (Ca) signaling toolbox in cells is the inositol 1,4,5-triphosphate (IP) receptor (IPR), which mediates Ca release from the endoplasmic reticulum (ER), controlling cytoplasmic and organellar Ca concentrations. IPRs are co-activated by IP and Ca, inhibited by Ca at high concentrations, and potentiated by ATP. However, the underlying molecular mechanisms are unclear. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of human type-3 IPR obtained from a single dataset in multiple gating conformations: IP-ATP bound pre-active states with closed channels, IP-ATP-Ca bound active state with an open channel, and IP-ATP-Ca bound inactive state with a closed channel. The structures demonstrate how IP-induced conformational changes prime the receptor for activation by Ca, how Ca binding leads to channel opening, and how ATP modulates the activity, providing insights into the long-sought questions regarding the molecular mechanism underpinning receptor activation and gating.
リンクNat Commun / PubMed:35301323 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.8 Å
構造データ

25667

7t3p

EMDB-25667, PDB-7t3p:
IP3 and ATP bound type 3 IP3 receptor in the pre-active A state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

25668

7t3q

EMDB-25668, PDB-7t3q:
IP3 and ATP bound type 3 IP3 receptor in the pre-active B state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

25669

7t3r

EMDB-25669, PDB-7t3r:
IP3 and ATP bound type 3 IP3 receptor in the pre-active C state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

25670

7t3t

EMDB-25670, PDB-7t3t:
IP3, ATP, and Ca2+ bound type 3 IP3 receptor in the active state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

25671

7t3u

EMDB-25671, PDB-7t3u:
IP3, ATP, and Ca2+ bound type 3 IP3 receptor in the inactive state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-I3P:
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸 / イノシトールトリスリン酸

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMETAL TRANSPORT / IP3 receptor (イノシトールトリスリン酸受容体) / calcium signaling (カルシウムシグナリング)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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