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タイトルStructure, function and pharmacology of human itch GPCRs.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 600, Issue 7887, Page 170-175, Year 2021
掲載日2021年11月17日
著者Can Cao / Hye Jin Kang / Isha Singh / He Chen / Chengwei Zhang / Wenlei Ye / Byron W Hayes / Jing Liu / Ryan H Gumpper / Brian J Bender / Samuel T Slocum / Brian E Krumm / Katherine Lansu / John D McCorvy / Wesley K Kroeze / Justin G English / Jeffrey F DiBerto / Reid H J Olsen / Xi-Ping Huang / Shicheng Zhang / Yongfeng Liu / Kuglae Kim / Joel Karpiak / Lily Y Jan / Soman N Abraham / Jian Jin / Brian K Shoichet / Jonathan F Fay / Bryan L Roth /
PubMed 要旨The MRGPRX family of receptors (MRGPRX1-4) is a family of mas-related G-protein-coupled receptors that have evolved relatively recently. Of these, MRGPRX2 and MRGPRX4 are key physiological and ...The MRGPRX family of receptors (MRGPRX1-4) is a family of mas-related G-protein-coupled receptors that have evolved relatively recently. Of these, MRGPRX2 and MRGPRX4 are key physiological and pathological mediators of itch and related mast cell-mediated hypersensitivity reactions. MRGPRX2 couples to both G and G in mast cells. Here we describe agonist-stabilized structures of MRGPRX2 coupled to G and G in ternary complexes with the endogenous peptide cortistatin-14 and with a synthetic agonist probe, respectively, and the development of potent antagonist probes for MRGPRX2. We also describe a specific MRGPRX4 agonist and the structure of this agonist in a complex with MRGPRX4 and G. Together, these findings should accelerate the structure-guided discovery of therapeutic agents for pain, itch and mast cell-mediated hypersensitivity.
リンクNature / PubMed:34789874 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.45 - 2.9 Å
構造データ

24896

7s8l

EMDB-24896, PDB-7s8l:
CryoEM structure of Gq-coupled MRGPRX2 with peptide agonist Cortistatin-14
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.45 Å

24897

7s8m

EMDB-24897, PDB-7s8m:
CryoEM structure of Gi-coupled MRGPRX2 with peptide agonist Cortistatin-14
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

24898

7s8n

EMDB-24898, PDB-7s8n:
CryoEM structure of Gq-coupled MRGPRX2 with small molecule agonist (R)-Zinc-3573
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

24899

7s8o

EMDB-24899, PDB-7s8o:
CryoEM structure of Gi-coupled MRGPRX2 with small molecule agonist (R)-Zinc-3573
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

24900

7s8p

EMDB-24900, PDB-7s8p:
CryoEM structure of Gq-coupled MRGPRX4 with small molecule agonist MS47134
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-8IU:
(3R)-N,N-dimethyl-1-[(8S)-5-phenylpyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]pyrrolidin-3-amine / (R)-ZINC-3573

ChemComp-8IX:
N-[(1r,3R,5S,7R)-3,5-dimethyltricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane-1-carbonyl]-D-phenylalanine

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR (Gタンパク質共役受容体)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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