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タイトルCoupling of distant ATPase domains in the circadian clock protein KaiC.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 29, Issue 8, Page 759-766, Year 2022
掲載日2022年7月21日
著者Jeffrey A Swan / Colby R Sandate / Archana G Chavan / Alfred M Freeberg / Diana Etwaru / Dustin C Ernst / Joseph G Palacios / Susan S Golden / Andy LiWang / Gabriel C Lander / Carrie L Partch /
PubMed 要旨The AAA family member KaiC is the central pacemaker for circadian rhythms in the cyanobacterium Synechococcus elongatus. Composed of two hexameric rings of adenosine triphosphatase (ATPase) domains ...The AAA family member KaiC is the central pacemaker for circadian rhythms in the cyanobacterium Synechococcus elongatus. Composed of two hexameric rings of adenosine triphosphatase (ATPase) domains with tightly coupled activities, KaiC undergoes a cycle of autophosphorylation and autodephosphorylation on its C-terminal (CII) domain that restricts binding of clock proteins on its N-terminal (CI) domain to the evening. Here, we use cryogenic-electron microscopy to investigate how daytime and nighttime states of CII regulate KaiB binding on CI. We find that the CII hexamer is destabilized during the day but takes on a rigidified C-symmetric state at night, concomitant with ring-ring compression. Residues at the CI-CII interface are required for phospho-dependent KaiB association, coupling ATPase activity on CI to cooperative KaiB recruitment. Together, these studies clarify a key step in the regulation of cyanobacterial circadian rhythms by KaiC phosphorylation.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:35864165 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.8 Å
構造データ

24850

7s65

EMDB-24850, PDB-7s65:
Compressed conformation of nighttime state KaiC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

24851

7s66

EMDB-24851, PDB-7s66:
Extended conformation of nighttime state KaiC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

24852

7s67

EMDB-24852, PDB-7s67:
Extended conformation of daytime state KaiC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • synechococcus elongatus (バクテリア)
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / AAA ATPase / Circadian Oscillator / Kinase / Phosphatase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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