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タイトルStructural conservation among variants of the SARS-CoV-2 spike postfusion bundle.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 119, Issue 16, Page e2119467119, Year 2022
掲載日2022年4月19日
著者Kailu Yang / Chuchu Wang / K Ian White / Richard A Pfuetzner / Luis Esquivies / Axel T Brunger /
PubMed 要旨Variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) challenge currently available COVID-19 vaccines and monoclonal antibody therapies due to structural and dynamic changes of the ...Variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) challenge currently available COVID-19 vaccines and monoclonal antibody therapies due to structural and dynamic changes of the viral spike glycoprotein (S). The heptad repeat 1 (HR1) and heptad repeat 2 (HR2) domains of S drive virus–host membrane fusion by assembly into a six-helix bundle, resulting in delivery of viral RNA into the host cell. We surveyed mutations of currently reported SARS-CoV-2 variants and selected eight mutations, including Q954H, N969K, and L981F from the Omicron variant, in the postfusion HR1HR2 bundle for functional and structural studies. We designed a molecular scaffold to determine cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of HR1HR2 at 2.2–3.8 Å resolution by linking the trimeric N termini of four HR1 fragments to four trimeric C termini of the Dps4 dodecamer from Nostoc punctiforme. This molecular scaffold enables efficient sample preparation and structure determination of the HR1HR2 bundle and its mutants by single-particle cryo-EM. Our structure of the wild-type HR1HR2 bundle resolves uncertainties in previously determined structures. The mutant structures reveal side-chain positions of the mutations and their primarily local effects on the interactions between HR1 and HR2. These mutations do not alter the global architecture of the postfusion HR1HR2 bundle, suggesting that the interfaces between HR1 and HR2 are good targets for developing antiviral inhibitors that should be efficacious against all known variants of SARS-CoV-2 to date. We also note that this work paves the way for similar studies in more distantly related viruses.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:35363556 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.09 - 2.52 Å
構造データ

24774

7rzq

EMDB-24774, PDB-7rzq:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.09 Å

24775

7rzr

EMDB-24775, PDB-7rzr:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with D936Y mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.27 Å

24776

7rzs

EMDB-24776, PDB-7rzs:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with L938F mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.52 Å

24777

7rzt

EMDB-24777, PDB-7rzt:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with S940F mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.35 Å

24778

7rzu

EMDB-24778, PDB-7rzu:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with A942S mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

24779

7rzv

EMDB-24779, PDB-7rzv:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 HR1HR2 fusion core complex with V1176F mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.11 Å

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • nostoc punctiforme (strain atcc 29133 / pcc 73102) (バクテリア)
キーワードVIRAL PROTEIN / spike / HR1HR2 / fusion / scaffold / D936Y / L938F / S940F / A942S / V1176F

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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