[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルRieske head domain dynamics and indazole-derivative inhibition of Candida albicans complex III.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 30, Issue 1, Page 129-138.e4, Year 2022
掲載日2022年1月6日
著者Justin M Di Trani / Zhongle Liu / Luke Whitesell / Peter Brzezinski / Leah E Cowen / John L Rubinstein /
PubMed 要旨Electron transfer between respiratory complexes drives transmembrane proton translocation, which powers ATP synthesis and membrane transport. The homodimeric respiratory complex III (CIII) oxidizes ...Electron transfer between respiratory complexes drives transmembrane proton translocation, which powers ATP synthesis and membrane transport. The homodimeric respiratory complex III (CIII) oxidizes ubiquinol to ubiquinone, transferring electrons to cytochrome c and translocating protons through a mechanism known as the Q cycle. The Q cycle involves ubiquinol oxidation and ubiquinone reduction at two different sites within each CIII monomer, as well as movement of the head domain of the Rieske subunit. We determined structures of Candida albicans CIII by cryoelectron microscopy (cryo-EM), revealing endogenous ubiquinone and visualizing the continuum of Rieske head domain conformations. Analysis of these conformations does not indicate cooperativity in the Rieske head domain position or ligand binding in the two CIIIs of the CIII dimer. Cryo-EM with the indazole derivative Inz-5, which inhibits fungal CIII and is fungicidal when administered with fungistatic azole drugs, showed that Inz-5 inhibition alters the equilibrium of Rieske head domain positions.
リンクStructure / PubMed:34525326
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.3 Å
構造データ

24482

7rja

EMDB-24482, PDB-7rja:
Complex III2 from Candida albicans, inhibitor free
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

24483

7rjb

EMDB-24483, PDB-7rjb:
Complex III2 from Candida albicans, inhibitor free, Rieske head domain in b position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

24484

7rjc

EMDB-24484, PDB-7rjc:
Complex III2 from Candida albicans, inhibitor free, Rieske head domain in intermediate position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

24485

7rjd

EMDB-24485, PDB-7rjd:
Complex III2 from Candida albicans, inhibitor free, Rieske head domain in c position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

24486

7rje

EMDB-24486, PDB-7rje:
Complex III2 from Candida albicans, Inz-5 bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-ZL5:
3-[2-fluoro-5-(trifluoromethyl)phenyl]-7-methyl-1-[(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)methyl]-1H-indazole

由来
  • Candida albicans SC5314 (酵母)
  • Yeast (酵母)
  • candida albicans (strain sc5314 / atcc mya-2876) (酵母)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Candida albicans / mitochondrial complex III2 / indazole-derivative inhibitor / Rieske head domain

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る