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タイトルStructural insights into ClpP protease side exit pore-opening by a pH drop coupled with substrate hydrolysis.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 41, Issue 13, Page e109755, Year 2022
掲載日2022年7月4日
著者Leehyeon Kim / Byung-Gil Lee / Minki Kim / Min Kyung Kim / Do Hoon Kwon / Hyunmin Kim / Heike Brötz-Oesterhelt / Soung-Hun Roh / Hyun Kyu Song /
PubMed 要旨The ClpP serine peptidase is a tetradecameric degradation molecular machine involved in many physiological processes. It becomes a competent ATP-dependent protease when coupled with Clp-ATPases. ...The ClpP serine peptidase is a tetradecameric degradation molecular machine involved in many physiological processes. It becomes a competent ATP-dependent protease when coupled with Clp-ATPases. Small chemical compounds, acyldepsipeptides (ADEPs), are known to cause the dysregulation and activation of ClpP without ATPases and have potential as novel antibiotics. Previously, structural studies of ClpP from various species revealed its structural details, conformational changes, and activation mechanism. Although product release through side exit pores has been proposed, the detailed driving force for product release remains elusive. Herein, we report crystal structures of ClpP from Bacillus subtilis (BsClpP) in unforeseen ADEP-bound states. Cryo-electron microscopy structures of BsClpP revealed various conformational states under different pH conditions. To understand the conformational change required for product release, we investigated the relationship between substrate hydrolysis and the pH-lowering process. The production of hydrolyzed peptides from acidic and basic substrates by proteinase K and BsClpP lowered the pH values. Our data, together with those of previous findings, provide insight into the molecular mechanism of product release by the ClpP self-compartmentalizing protease.
リンクEMBO J / PubMed:35593068 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.79 - 3.4 Å
構造データ

31559

7fep

EMDB-31559, PDB-7fep:
Cryo-EM structure of BsClpP-ADEP1 complex at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

31560

7feq

EMDB-31560, PDB-7feq:
Cryo-EM structure of apo BsClpP at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

31561

7fer

EMDB-31561, PDB-7fer:
Cryo-EM structure of BsClpP-ADEP1 complex at pH 4.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

31562

7fes

EMDB-31562, PDB-7fes:
Cryo-EM structure of apo BsClpP at pH 4.2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

PDB-7p80:
Crystal structure of ClpP from Bacillus subtilis in complex with ADEP2 (compressed state)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.98 Å

PDB-7p81:
Crystal structure of ClpP from Bacillus subtilis in complex with ADEP2 (compact state)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.79 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • bacillus subtilis (枯草菌)
  • synthetic construct (人工物)
  • bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
キーワードHYDROLASE / ClpP / Bacillus subtilis / ADEP1 / Acyldepsipeptides / ADEP2 / compressed / antibiotics

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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