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タイトルStructural basis of RNA polymerase inhibition by viral and host factors.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 5523, Year 2021
掲載日2021年9月17日
著者Simona Pilotto / Thomas Fouqueau / Natalya Lukoyanova / Carol Sheppard / Soizick Lucas-Staat / Luis Miguel Díaz-Santín / Dorota Matelska / David Prangishvili / Alan C M Cheung / Finn Werner /
PubMed 要旨RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution ...RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution structures of two such RNAP-inhibitor complexes that provide the structural bases underlying RNAP inhibition in archaea. The Acidianus two-tailed virus encodes the RIP factor that binds inside the DNA-binding channel of RNAP, inhibiting transcription by occlusion of binding sites for nucleic acid and the transcription initiation factor TFB. Infection with the Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus induces the expression of the host factor TFS4, which binds in the RNAP funnel similarly to eukaryotic transcript cleavage factors. However, TFS4 allosterically induces a widening of the DNA-binding channel which disrupts trigger loop and bridge helix motifs. Importantly, the conformational changes induced by TFS4 are closely related to inactivated states of RNAP in other domains of life indicating a deep evolutionary conservation of allosteric RNAP inhibition.
リンクNat Commun / PubMed:34535646 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.61 - 3.27 Å
構造データ

12960

7ok0

EMDB-12960, PDB-7ok0:
Cryo-EM structure of the Sulfolobus acidocaldarius RNA polymerase at 2.88 A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

13026

7oq4

EMDB-13026, PDB-7oq4:
Cryo-EM structure of the ATV RNAP Inhibitory Protein (RIP) bound to the DNA-binding channel of the host's RNA polymerase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

13034

7oqy

EMDB-13034, PDB-7oqy:
Cryo-EM structure of the cellular negative regulator TFS4 bound to the archaeal RNA polymerase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.61 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

由来
  • sulfolobus acidocaldarius (strain atcc 33909 / dsm 639 / jcm 8929 / nbrc 15157 / ncimb 11770) (好気性・好酸性)
  • sulfolobus acidocaldarius dsm 639 (好気性・好酸性)
  • acidianus two-tailed virus (ウイルス)
  • saccharolobus solfataricus (strain atcc 35092 / dsm 1617 / jcm 11322 / p2) (古細菌)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / Archaea (古細菌) / Crenarchaea / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / viral inhibitor / transcription inhibition / ATV / archaeal virus / negative regulator / inhibitor (酵素阻害剤) / Sso TFS4 / trancript cleavage factor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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