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タイトルCryo-EM reveals new species-specific proteins and symmetry elements in the Dot/Icm T4SS.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 10, Year 2021
掲載日2021年9月14日
著者Michael J Sheedlo / Clarissa L Durie / Jeong Min Chung / Louise Chang / Jacquelyn Roberts / Michele Swanson / Dana Borden Lacy / Melanie D Ohi /
PubMed 要旨 is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia known as Legionnaires' disease. The pathology associated with infection depends on bacterial delivery of effector proteins ... is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia known as Legionnaires' disease. The pathology associated with infection depends on bacterial delivery of effector proteins into the host via the membrane spanning Dot/Icm type IV secretion system (T4SS). We have determined sub-3.0 Å resolution maps of the Dot/Icm T4SS core complex by single particle cryo-EM. The high-resolution structural analysis has allowed us to identify proteins encoded outside the Dot/Icm genetic locus that contribute to the core T4SS structure. We can also now define two distinct areas of symmetry mismatch, one that connects the C18 periplasmic ring (PR) and the C13 outer membrane cap (OMC) and one that connects the C13 OMC with a 16-fold symmetric dome. Unexpectedly, the connection between the PR and OMC is DotH, with five copies sandwiched between the OMC and PR to accommodate the symmetry mismatch. Finally, we observe multiple conformations in the reconstructions that indicate flexibility within the structure.
リンクElife / PubMed:34519271 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 4.6 Å
構造データ

24004

7muc

EMDB-24004, PDB-7muc:
Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS C1 Reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

24005

7mud

EMDB-24005, PDB-7mud:
Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

24006

7mue

EMDB-24006, PDB-7mue:
Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS PR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

24018

7muq

EMDB-24018, PDB-7muq:
Reconstruction of the Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS 3DVA Map 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

24020

7mus

EMDB-24020, PDB-7mus:
Reconstruction of the Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS 3DVA Map 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

24023

7muv

EMDB-24023, PDB-7muv:
Reconstruction of the Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS 3DVA Map 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

24024

7muw

EMDB-24024, PDB-7muw:
Reconstruction of the Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS 3DVA Map 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

24026

7muy

EMDB-24026, PDB-7muy:
Reconstruction of the Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS 3DVA Map 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

由来
  • legionella pneumophila (バクテリア)
キーワードTRANSLOCASE / Legionella / Dot/Icm / Secretion / T4SS

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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