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Structure paper

タイトルCryo-EM structure of type 1 IPR channel in a lipid bilayer.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 4, Issue 1, Page 625, Year 2021
掲載日2021年5月25日
著者Mariah R Baker / Guizhen Fan / Alexander B Seryshev / Melina A Agosto / Matthew L Baker / Irina I Serysheva /
PubMed 要旨Type 1 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor (IPR1) is the predominant Ca-release channel in neurons. IPR1 mediates Ca release from the endoplasmic reticulum into the cytosol and thereby is involved ...Type 1 inositol 1,4,5-trisphosphate receptor (IPR1) is the predominant Ca-release channel in neurons. IPR1 mediates Ca release from the endoplasmic reticulum into the cytosol and thereby is involved in many physiological processes. Here, we present the cryo-EM structures of full-length rat IPR1 reconstituted in lipid nanodisc and detergent solubilized in the presence of phosphatidylcholine determined in ligand-free, closed states by single-particle electron cryo-microscopy. Notably, both structures exhibit the well-established IPR1 protein fold and reveal a nearly complete representation of lipids with similar locations of ordered lipids bound to the transmembrane domains. The lipid-bound structures show improved features that enabled us to unambiguously build atomic models of IPR1 including two membrane associated helices that were not previously resolved in the TM region. Our findings suggest conserved locations of protein-bound lipids among homotetrameric ion channels that are critical for their structural and functional integrity despite the diversity of structural mechanisms for their gating.
リンクCommun Biol / PubMed:34035440 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.96 - 3.3 Å
構造データ

23337

7lhe

EMDB-23337, PDB-7lhe:
Structure of full-length IP3R1 channel reconstituted into lipid nanodisc in the apo-state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

23338

7lhf

EMDB-23338, PDB-7lhf:
Structure of full-length IP3R1 channel solubilized in LNMG & lipid in the apo-state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

化合物

ChemComp-PLX:
(9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL / リン脂質*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Calcium channel / lipid nanodisc / lipids

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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