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Structure paper

タイトルARHGEF2 PanDDA analysis group deposition
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2023年6月22日 (構造データの登録日)
著者Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.31 - 2.878 Å
構造データ

PDB-7g80:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1041785508
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.671 Å

PDB-7g81:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z104474512
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.51 Å

PDB-7g82:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1079512010
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.409 Å

PDB-7g83:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z108545814
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.31 Å

PDB-7g84:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1102357527
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.811 Å

PDB-7g85:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z111529496
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.735 Å

PDB-7g86:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1137725943
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.699 Å

PDB-7g87:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1148165337
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.053 Å

PDB-7g88:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1148747945
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.869 Å

PDB-7g89:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1192341021
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.901 Å

PDB-7g8a:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z100642432
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-7g8b:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z100643660
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.42 Å

PDB-7g8c:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1037511924
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.176 Å

PDB-7g8d:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z104474228
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.937 Å

PDB-7g8e:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z104479710
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7g8f:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1079168976
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.42 Å

PDB-7g8g:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z111529496
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.92 Å

PDB-7g8h:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1198180782
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-7g8i:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1198316457
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.468 Å

PDB-7g8j:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1216861874
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.986 Å

PDB-7g8k:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1217131798
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.491 Å

PDB-7g8l:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1251207602
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7g8m:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1255459547
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.029 Å

PDB-7g8n:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1262549981
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.32 Å

PDB-7g8o:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1267800292
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.579 Å

PDB-7g8p:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1269184613
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.209 Å

PDB-7g8q:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1269220427
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.561 Å

PDB-7g8r:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1270087714
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.44 Å

PDB-7g8s:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1270393711
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7g8t:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1273312142
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.385 Å

PDB-7g8u:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z131833926
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.44 Å

PDB-7g8v:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z133716556
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.451 Å

PDB-7g8w:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1416193393
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.939 Å

PDB-7g8x:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1416571195
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.711 Å

PDB-7g8y:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1449748885
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-7g8z:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1493056027
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.509 Å

PDB-7g90:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1509195674
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.911 Å

PDB-7g91:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1509257513
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.292 Å

PDB-7g92:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1545313172
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.872 Å

PDB-7g93:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1565771450
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.693 Å

PDB-7g94:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1575337975
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-7g95:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z165170770
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.551 Å

PDB-7g96:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z1203730981
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-7g97:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z57899718
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-7g98:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with Z4605084898
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.878 Å

PDB-7g99:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with PCM-0102102-001
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-7g9a:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with PCM-0102113-001
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.583 Å

PDB-7g9b:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with PCM-0102116-001
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.553 Å

PDB-7g9c:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with PCM-0102141-001
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.686 Å

PDB-7g9d:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with PCM-0102179-001
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.659 Å

PDB-7g9e:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with PCM-0102197-001
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.151 Å

PDB-7g9f:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with PCM-0102209-001
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.935 Å

PDB-7g9g:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with PCM-0102236-001
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.079 Å

PDB-7g9h:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with PCM-0102245-001
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.746 Å

PDB-7g9i:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with PCM-0102253-001
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.202 Å

PDB-7g9j:
ARHGEF2 PanDDA analysis group deposition -- ARHGEF2 and RhoA in complex with PCM-0102281-001
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

化合物

ChemComp-K34:
5-(1,3-thiazol-2-yl)-1H-1,2,4-triazole

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-FMT:
FORMIC ACID / ギ酸

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-H04:
1-(2-ethoxyphenyl)piperazine / 1-(2-エトキシフェニル)ピペラジン

ChemComp-UWS:
6-methyl-2-[(3-methyl-1,2-oxazol-5-yl)methyl]pyridazin-3(2H)-one

ChemComp-YX2:
3-propanamido-1-benzofuran-2-carboxamide

ChemComp-YX6:
N-[(3R)-6-oxopiperidin-3-yl]-1,3-thiazole-4-carboxamide

ChemComp-LXA:
~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-2-methoxy-ethanamide

ChemComp-YXB:
N-[(1H-indol-4-yl)methyl]ethanamine

ChemComp-YG5:
2-(1H-indazol-1-yl)-N,N-dimethylacetamide

ChemComp-WKY:
N-(3-methylpyridin-4-yl)acetamide

ChemComp-ZT7:
1-(5-amino-2H-isoindol-2-yl)ethan-1-one

ChemComp-WJ7:
2-bromo-4-fluoro-N,N-dimethylbenzamide

ChemComp-LFO:
N,1-dimethyl-1H-indole-3-carboxamide / N-メチル-1-メチル-1H-インド-ル-3-カルボアミド

ChemComp-YXO:
1-(difluoromethyl)-1H-indol-5-amine

ChemComp-60P:
3-methylthiophene-2-carboxylic acid / 3-メチルチオフェン-2-カルボン酸

ChemComp-YXH:
1-(1H-benzimidazol-2-yl)methanamine / 1H-ベンゾイミダゾ-ル-2-メタンアミン

ChemComp-YXK:
[1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-imidazol-2-yl]acetonitrile

ChemComp-YXU:
5-methoxy-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine / 5-メトキシ-1H-ピロロ[3,2-b]ピリジン

ChemComp-YXY:
4,4-difluorocyclohexane-1-carboxamide

ChemComp-YYI:
5-(difluoromethoxy)pyridin-2(3H)-one

ChemComp-YZK:
(3M)-3-(2-methyl-1H-imidazol-1-yl)pyridine

ChemComp-RWS:
1-(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)piperidine

ChemComp-Z0I:
N-(1H-indol-7-yl)acetamide

ChemComp-Z1L:
1-anilinocyclopropane-1-carboxylic acid / 1-(フェニルアミノ)シクロプロパン-1-カルボン酸

ChemComp-O2A:
N-methyl-1H-indole-7-carboxamide

ChemComp-Z2F:
1,3-benzothiazole-6-sulfonamide

ChemComp-Z2Z:
8-(methanesulfonyl)quinoline

ChemComp-Z5Z:
(2R,6S)-2,6-dimethyl-4-(3-methyl-1,2,4-thiadiazol-5-yl)morpholine

ChemComp-Z5C:
5-(methoxymethyl)-1,2-oxazole-3-carboxamide

ChemComp-Z4X:
2-ethoxy-3-fluoro-N,N-dimethylbenzamide

ChemComp-Z3O:
(3S)-3-{[(4R)-4-methyl-3,4-dihydropyridin-1(2H)-yl]methyl}-3H-indole

ChemComp-Z3H:
N-[(4R)-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-4-yl]methanesulfonamide

ChemComp-Z6I:
4-(5-methyl-1H-pyrazol-4-yl)piperidine

ChemComp-Z7T:
2-(cyclopentylamino)pyridine-4-carboxamide

ChemComp-WZY:
N-(4-methoxyphenyl)glycinamide

ChemComp-Z9I:
1-[(2R)-1-(methanesulfonyl)pyrrolidin-2-yl]methanamine

ChemComp-ZA9:
4-[(3S)-piperidin-3-yl]-1H-indole

ChemComp-ZBH:
(4S)-N,2-dimethyl-4,5,6,7-tetrahydro-1,3-benzothiazole-4-carboxamide

ChemComp-LWA:
(2~{S})-~{N}-(4-aminocarbonylphenyl)oxolane-2-carboxamide

ChemComp-VW7:
N-(8-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-5-yl)acetamide

ChemComp-ZC9:
(2P)-5-fluoro-2-(1H-pyrazol-5-yl)pyridine

ChemComp-W0Y:
N-methyl-4-sulfamoylbenzamide / N-メチル-4-(アミノスルホニル)ベンズアミド

ChemComp-ZCI:
2-bromo-1H-imidazole / 2-ブロモ-1H-イミダゾ-ル

ChemComp-APY:
2-AMINOMETHYL-PYRIDINE / 2-(アミノメチル)ピリジン

ChemComp-ZDL:
1,3-dimethylimidazolidine / 1,3-ジメチルイミダゾリジン

ChemComp-ZE9:
1-[(3R,5R)-5-(furan-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)pyrazolidin-1-yl]ethan-1-one

ChemComp-ZEK:
3-acetamido-N-methylbenzamide / 3-アセチルアミノ-N-メチルベンズアミド

ChemComp-ZG0:
N-(3-methylphenyl)acetamide / N-(3-メチルフェニル)アセトアミド

ChemComp-ZFI:
N-[2-(methanesulfonyl)phenyl]acetamide

ChemComp-T7Y:
N-[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenyl]acetamide

ChemComp-ZG6:
N-(3-methyl-1,2-oxazol-5-yl)acetamide / N-(3-メチルイソオキサゾ-ル-5-イル)アセトアミド

ChemComp-ZGF:
N-(6-chloro-2H-1,3-benzodioxol-5-yl)acetamide

ChemComp-ZGK:
N-(2-methoxyphenyl)acetamide / N-(2-メトキシフェニル)アセトアミド

ChemComp-KLU:
(2S)-4-(chloroacetyl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-2-carboxamide

ChemComp-ZGQ:
N-[(2-methylphenyl)methyl]acetamide / N-(2-メチルベンジル)アセトアミド

ChemComp-ZGX:
1-(3,4-dihydropyrazin-1(2H)-yl)ethan-1-one

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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