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Structure paper

タイトルSDCBP PanDDA analysis group deposition
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2023年1月24日 (構造データの登録日)
著者Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Bountra, C. / von Delft, F. / Brennan, P.E.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.77 - 2.8 Å
構造データ

PDB-7fsg:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z56772132
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.02 Å

PDB-7fsh:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z32367954
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-7fsi:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z18197050
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.31 Å

PDB-7fsj:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z57744712
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-7fsk:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z1954800564
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-7fsl:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z730649594
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.38 Å

PDB-7fsm:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z763030030
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-7fsn:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z254580486
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-7fso:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z198195770
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7fsp:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z1650168321
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-7fsq:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z1429867185
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.07 Å

PDB-7fsr:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z54615640
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.29 Å

PDB-7fss:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z839706072
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-7fst:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z26968795
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-7fsu:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z729726784
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-7fsv:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z1454310449
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-7fsw:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z169675004
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.14 Å

PDB-7fsx:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z1328078283
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-7fsy:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z1148165337
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-7fsz:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z3006151474
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-7ft0:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z56767614
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.45 Å

PDB-7ft1:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z2204875953
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-7ft2:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z235449082
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.04 Å

PDB-7ft3:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z291279160
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-7ft4:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z48847594
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.17 Å

PDB-7ft5:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with POB0093
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-7ft6:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with POB0008
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-7ft7:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z57127349
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-7ft8:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with NCL-00024671
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-7ft9:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z45636695
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-7fta:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z228589380
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.03 Å

PDB-7ftb:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z1198269757
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.22 Å

PDB-7ftc:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z1509711879
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.87 Å

PDB-7ftd:
SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z27782662
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

化合物

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-DGL:
D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸

ChemComp-GLY:
GLYCINE / グリシン

ChemComp-YG9:
(5R)-5-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]-5-methylimidazolidine-2,4-dione

ChemComp-ALA:
ALANINE / アラニン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-UXA:
~{N}-cyclopropyl-1,3-benzodioxole-5-carboxamide

ChemComp-RZG:
methyl 4-sulfamoylbenzoate / 4-スルファモイル安息香酸メチル

ChemComp-YEB:
N,N-dimethylmorpholine-4-sulfonamide

ChemComp-NZ1:
5-methoxy-1,3-benzothiazol-2-amine / 5-メトキシベンゾチアゾ-ル-2-アミン

ChemComp-NUM:
N-[2-(4-hydroxyphenyl)ethyl]pyridine-2-carboxamide

ChemComp-WJA:
N-methyl-1-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)methanesulfonamide

ChemComp-YDG:
N,N-dimethyl-2-(1H-pyrazol-1-yl)acetamide

ChemComp-LJA:
N-[3-(carbamoylamino)phenyl]acetamide

ChemComp-VW7:
N-(8-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-5-yl)acetamide

ChemComp-VVP:
4-methoxy-1H-indole / 4-メトキシ-1H-インド-ル

ChemComp-YFN:
N-[(3S)-3-methyl-1,1-dioxo-1lambda~6~-thiolan-3-yl]cyclopropanecarboxamide

ChemComp-2NU:
2-(4-bromanylpyrazol-1-yl)-~{N}-cyclopropyl-~{N}-methyl-ethanamide

ChemComp-Q6O:
N-(4-chloro-2,5-dimethoxyphenyl)acetamide / 1,4-ジメトキシ-2-(アセチルアミノ)-5-クロロベンゼン

ChemComp-YDU:
2-cyclopentyl-N-(3-methyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)acetamide

ChemComp-UQS:
N-[(2-fluorophenyl)methyl]-1H-pyrazol-4-amine

ChemComp-YDX:
N-(1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)-2-(1H-pyrazol-1-yl)acetamide

ChemComp-I8A:
N-(cyclopropylmethyl)-2,2,3,3-tetramethylazetidine-1-carboxamide

ChemComp-YG5:
2-(1H-indazol-1-yl)-N,N-dimethylacetamide

ChemComp-LQ3:
(5S)-5-(difluoromethoxy)pyridin-2(5H)-one

ChemComp-RWP:
methyl 4-[(trifluoroacetyl)amino]benzoate

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

ChemComp-Q7L:
(3P)-3-(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)-1H-pyrazole

ChemComp-JFS:
[4-(1H-benzimidazol-1-yl)phenyl]methanol

ChemComp-LV4:
1-[2-(trifluoromethyloxy)phenyl]thiourea

ChemComp-O0J:
N-[4-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)phenyl]acetamide

ChemComp-YEF:
4-(4-methoxyphenyl)oxane-4-carboxylic acid

ChemComp-YEK:
methyl 1-(methanesulfonyl)-2-methyl-D-prolinate

ChemComp-SZB:
succinimide / マレイミド

ChemComp-UU1:
2-(4-bromo-1H-pyrazol-1-yl)ethan-1-ol

ChemComp-4MB:
4-[(METHYLSULFONYL)AMINO]BENZOIC ACID / 4-[(メチルスルホニル)アミノ]安息香酸

ChemComp-YER:
3-[(pyrimidin-2-yl)amino]benzoic acid

ChemComp-YEZ:
[1]benzofuro[2,3-d]pyridazin-4(3H)-one

ChemComp-YFR:
6-bromo-7-hydroxy-2,2-dimethyl-2H,4H-1,3-benzodioxin-4-one

ChemComp-YG0:
N-phenylcyclopropanecarboxamide / N-フェニルシクロプロパンカルボアミド

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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