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タイトルAntibody affinity versus dengue morphology influences neutralization.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 17, Issue 2, Page e1009331, Year 2021
掲載日2021年2月23日
著者Guntur Fibriansah / Elisa X Y Lim / Jan K Marzinek / Thiam-Seng Ng / Joanne L Tan / Roland G Huber / Xin-Ni Lim / Valerie S Y Chew / Victor A Kostyuchenko / Jian Shi / Ganesh S Anand / Peter J Bond / James E Crowe / Shee-Mei Lok /
PubMed 要旨Different strains within a dengue serotype (DENV1-4) can have smooth, or "bumpy" surface morphologies with different antigenic characteristics at average body temperature (37°C). We determined the ...Different strains within a dengue serotype (DENV1-4) can have smooth, or "bumpy" surface morphologies with different antigenic characteristics at average body temperature (37°C). We determined the neutralizing properties of a serotype cross-reactive human monoclonal antibody (HMAb) 1C19 for strains with differing morphologies within the DENV1 and DENV2 serotypes. We mapped the 1C19 epitope to E protein domain II by hydrogen deuterium exchange mass spectrometry, cryoEM and molecular dynamics simulations, revealing that this epitope is likely partially hidden on the virus surface. We showed the antibody has high affinity for binding to recombinant DENV1 E proteins compared to those of DENV2, consistent with its strong neutralizing activities for all DENV1 strains tested regardless of their morphologies. This finding suggests that the antibody could out-compete E-to-E interaction for binding to its epitope. In contrast, for DENV2, HMAb 1C19 can only neutralize when the epitope becomes exposed on the bumpy-surfaced particle. Although HMAb 1C19 is not a suitable therapeutic candidate, this study with HMAb 1C19 shows the importance of choosing a high-affinity antibody that could neutralize diverse dengue virus morphologies for therapeutic purposes.
リンクPLoS Pathog / PubMed:33621239 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度19.0 - 23.0 Å
構造データ

30883

7dwt

EMDB-30883, PDB-7dwt:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74 in complex with human antibody 1C19 Fab at 37 deg C (Class 1 particle)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

30884

7dwu

EMDB-30884, PDB-7dwu:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 1 strain WestPac 74 in complex with human antibody 1C19 Fab at 37 deg C (Class 2 particle)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-30885:
Cryo-EM map of Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 in complex with human antibody 1C19 Fab at 37 deg C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-30886:
Cryo-EM map of Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 in complex with human antibody 1C19 Fab at 40 deg C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

由来
  • dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / dengue virus / human antibody / dengue-Fab structure / VIRUS / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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