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タイトルStructural basis of human monocarboxylate transporter 1 inhibition by anti-cancer drug candidates.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 184, Issue 2, Page 370-383.e13, Year 2021
掲載日2021年1月21日
著者Nan Wang / Xin Jiang / Shuo Zhang / Angqi Zhu / Yafei Yuan / Hanwen Xu / Jianlin Lei / Chuangye Yan /
PubMed 要旨Proton-coupled monocarboxylate transporters MCT1-4 catalyze the transmembrane movement of metabolically essential monocarboxylates and have been targeted for cancer treatment because of their ...Proton-coupled monocarboxylate transporters MCT1-4 catalyze the transmembrane movement of metabolically essential monocarboxylates and have been targeted for cancer treatment because of their enhanced expression in various tumors. Here, we report five cryo-EM structures, at resolutions of 3.0-3.3 Å, of human MCT1 bound to lactate or inhibitors in the presence of Basigin-2, a single transmembrane segment (TM)-containing chaperon. MCT1 exhibits similar outward-open conformations when complexed with lactate or the inhibitors BAY-8002 and AZD3965. In the presence of the inhibitor 7ACC2 or with the neutralization of the proton-coupling residue Asp309 by Asn, similar inward-open structures were captured. Complemented by structural-guided biochemical analyses, our studies reveal the substrate binding and transport mechanism of MCTs, elucidate the mode of action of three anti-cancer drug candidates, and identify the determinants for subtype-specific sensitivities to AZD3965 by MCT1 and MCT4. These findings lay out an important framework for structure-guided drug discovery targeting MCTs.
リンクCell / PubMed:33333023
手法EM (単粒子)
解像度2.95 - 3.3 Å
構造データ

EMDB-30019, PDB-6lyy:
Cryo-EM structure of the human MCT1/Basigin-2 complex in the presence of anti-cancer drug candidate AZD3965 in the outward-open conformation.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-30020, PDB-6lz0:
Cryo-EM structure of human MCT1 in complex with Basigin-2 in the presence of lactate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-30389: Cryo-EM structure of the human MCT1/Basigin-2 complex in the presence of anti-cancer drug candidate 7ACC2 in the inward-open conformation.
PDB-7cko: Cryo-EM structure of the human MCT1/Basigin-2 complex in the presence of anti-cancer drug candidate 7ACC2 in the inward-open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-30391, PDB-7ckr:
Cryo-EM structure of the human MCT1/Basigin-2 complex in the presence of anti-cancer drug candidate BAY-8002 in the outward-open conformation.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-30623, PDB-7da5:
Cryo-EM structure of the human MCT1 D309N mutant in complex with Basigin-2 in the inward-open conformation.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-EY0:
3-methyl-5-[[(4~{R})-4-methyl-4-oxidanyl-1,2-oxazolidin-2-yl]carbonyl]-6-[[5-methyl-3-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyrazol-4-yl]methyl]-1-propan-2-yl-thieno[2,3-d]pyrimidine-2,4-dione

ChemComp-2OP:
(2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / L-乳酸

ChemComp-G5L:
7-[methyl-(phenylmethyl)amino]-2-oxidanylidene-chromene-3-carboxylic acid / 2-オキソ-7-(メチルベンジルアミノ)-2H-1-ベンゾピラン-3-カルボン酸

ChemComp-G5O:
2-[[2-chloranyl-5-(phenylsulfonyl)phenyl]carbonylamino]benzoic acid

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Proton-coupled monocarboxylate transporter / MCT1 / Basigin / anti-cancer / AZD3965 / BAY-8002 / 7ACC2 / single particle cryo-EM / latate transporter / lactate transporter / Basigin-2 / anti-cancer drug candidate

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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