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タイトルSnapshots of native pre-50S ribosomes reveal a biogenesis factor network and evolutionary specialization.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 6, Page 1200-11215.e9, Year 2021
掲載日2021年3月18日
著者Rainer Nikolay / Tarek Hilal / Sabine Schmidt / Bo Qin / David Schwefel / Carlos H Vieira-Vieira / Thorsten Mielke / Jörg Bürger / Justus Loerke / Kazuaki Amikura / Timo Flügel / Takuya Ueda / Matthias Selbach / Elke Deuerling / Christian M T Spahn /
PubMed 要旨Ribosome biogenesis is a fundamental multi-step cellular process that culminates in the formation of ribosomal subunits, whose production and modification are regulated by numerous biogenesis factors. ...Ribosome biogenesis is a fundamental multi-step cellular process that culminates in the formation of ribosomal subunits, whose production and modification are regulated by numerous biogenesis factors. In this study, we analyze physiologic prokaryotic ribosome biogenesis by isolating bona fide pre-50S subunits from an Escherichia coli strain with the biogenesis factor ObgE, affinity tagged at its native gene locus. Our integrative structural approach reveals a network of interacting biogenesis factors consisting of YjgA, RluD, RsfS, and ObgE on the immature pre-50S subunit. In addition, our study provides mechanistic insight into how the GTPase ObgE, in concert with other biogenesis factors, facilitates the maturation of the 50S functional core and reveals both conserved and divergent evolutionary features of ribosome biogenesis between prokaryotes and eukaryotes.
リンクMol Cell / PubMed:33639093
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 4.0 Å
構造データ

12215

7bl2

EMDB-12215, PDB-7bl2:
pre-50S-ObgE particle state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

12216

7bl3

EMDB-12216, PDB-7bl3:
pre-50S-ObgE particle state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

12217

7bl4

EMDB-12217, PDB-7bl4:
in vitro reconstituted 50S-ObgE-GMPPNP-RsfS particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

12218

7bl5

EMDB-12218, PDB-7bl5:
pre-50S-ObgE particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

12219

7bl6

EMDB-12219, PDB-7bl6:
50S-ObgE-GMPPNP particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • escherichia coli str. k-12 substr. mg1655 (大腸菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRIBOSOME / pre-50S / ribosome biogenesis / ribosome assembly

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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