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タイトルStructural basis for the allosteric inhibition of UMP kinase from Gram-positive bacteria, a promising antibacterial target.
ジャーナル・号・ページFEBS J, Vol. 289, Issue 16, Page 4869-4887, Year 2022
掲載日2022年3月9日
著者Patrick Walter / Ariel Mechaly / Julien Bous / Ahmed Haouz / Patrick England / Joséphine Lai-Kee-Him / Aurélie Ancelin / Sylviane Hoos / Bruno Baron / Stefano Trapani / Patrick Bron / Gilles Labesse / Hélène Munier-Lehmann /
PubMed 要旨Tuberculosis claims significantly more than one million lives each year. A feasible way to face the issue of drug resistance is the development of new antibiotics. Bacterial uridine 5'-monophosphate ...Tuberculosis claims significantly more than one million lives each year. A feasible way to face the issue of drug resistance is the development of new antibiotics. Bacterial uridine 5'-monophosphate (UMP) kinase is a promising target for novel antibiotic discovery as it is essential for bacterial survival and has no counterpart in human cells. The UMP kinase from M. tuberculosis is also a model of particular interest for allosteric regulation with two effectors, GTP (positive) and UTP (negative). In this study, using X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, we report for the first time a detailed description of the negative effector UTP-binding site of a typical Gram-positive behaving UMP kinase. Comparison between this snapshot of low affinity for Mg-ATP with our previous 3D-structure of the GTP-bound complex of high affinity for Mg-ATP led to a better understanding of the cooperative mechanism and the allosteric regulation of UMP kinase. Thermal shift assay and circular dichroism experiments corroborate our model of an inhibition by UTP linked to higher flexibility of the Mg-ATP-binding domain. These new structural insights provide valuable knowledge for future drug discovery strategies targeting bacterial UMP kinases.
リンクFEBS J / PubMed:35152545
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.85 - 3.33 Å
構造データ

12158

7bes

EMDB-12158, PDB-7bes:
CryoEM structure of Mycobacterium tuberculosis UMP Kinase (UMPK) in complex with UDP and UTP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

PDB-7bix:
Crystal structure of UMPK from M. tuberculosis in complex with UDP and UTP (C2 form)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.12 Å

PDB-7bl7:
Crystal structure of UMPK from M. tuberculosis in complex with UDP and UTP (P21212 form)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.33 Å

化合物

ChemComp-UDP:
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / UDP*YM / ウリジン二リン酸

ChemComp-UTP:
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / UTP*YM / ウリジン三リン酸

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
  • mycobacterium tuberculosis h37rv (結核菌)
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / nucleotide metabolism (ヌクレオチド) / UMP kinase / allosteric regulation (アロステリック効果) / antibacterial target

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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