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Structure paper

タイトルX-ray screening identifies active site and allosteric inhibitors of SARS-CoV-2 main protease.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 372, Page 642-646, Year 2021
掲載日2020年4月14日 (構造データの登録日)
著者Gunther, S. / Reinke, P.Y.A. / Fernandez-Garcia, Y. / Lieske, J. / Lane, T.J. / Ginn, H.M. / Koua, F.H.M. / Ehrt, C. / Ewert, W. / Oberthuer, D. ...Gunther, S. / Reinke, P.Y.A. / Fernandez-Garcia, Y. / Lieske, J. / Lane, T.J. / Ginn, H.M. / Koua, F.H.M. / Ehrt, C. / Ewert, W. / Oberthuer, D. / Yefanov, O. / Meier, S. / Lorenzen, K. / Krichel, B. / Kopicki, J.D. / Gelisio, L. / Brehm, W. / Dunkel, I. / Seychell, B. / Gieseler, H. / Norton-Baker, B. / Escudero-Perez, B. / Domaracky, M. / Saouane, S. / Tolstikova, A. / White, T.A. / Hanle, A. / Groessler, M. / Fleckenstein, H. / Trost, F. / Galchenkova, M. / Gevorkov, Y. / Li, C. / Awel, S. / Peck, A. / Barthelmess, M. / Schlunzen, F. / Lourdu Xavier, P. / Werner, N. / Andaleeb, H. / Ullah, N. / Falke, S. / Srinivasan, V. / Franca, B.A. / Schwinzer, M. / Brognaro, H. / Rogers, C. / Melo, D. / Zaitseva-Doyle, J.J. / Knoska, J. / Pena-Murillo, G.E. / Mashhour, A.R. / Hennicke, V. / Fischer, P. / Hakanpaa, J. / Meyer, J. / Gribbon, P. / Ellinger, B. / Kuzikov, M. / Wolf, M. / Beccari, A.R. / Bourenkov, G. / von Stetten, D. / Pompidor, G. / Bento, I. / Panneerselvam, S. / Karpics, I. / Schneider, T.R. / Garcia-Alai, M.M. / Niebling, S. / Gunther, C. / Schmidt, C. / Schubert, R. / Han, H. / Boger, J. / Monteiro, D.C.F. / Zhang, L. / Sun, X. / Pletzer-Zelgert, J. / Wollenhaupt, J. / Feiler, C.G. / Weiss, M.S. / Schulz, E.C. / Mehrabi, P. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Loboda, J. / Tidow, H. / Chari, A. / Hilgenfeld, R. / Uetrecht, C. / Cox, R. / Zaliani, A. / Beck, T. / Rarey, M. / Turk, D. / Hinrichs, W. / Chapman, H.N. / Pearson, A.R. / Betzel, C. / Meents, A.
リンクScience / PubMed:33811162
手法X線回折
解像度1.34 - 2.59 Å
構造データ

PDB-6ynq:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to 2-Methyl-1-tetralone.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-6yvf:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to AZD6482.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7a1u:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Fusidic Acid.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-7abu:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to RS102895
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-7adw:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to 2,4'-Dimethylpropiophenone.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

PDB-7af0:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Ipidacrine.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-7aga:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to AT7519
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-7aha:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Maleate.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-7ak4:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Tretazicar.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

PDB-7aku:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Calpeptin.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-7amj:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to PD 168568.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-7ans:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Adrafinil.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-7aol:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Climbazole
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-7ap6:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to MUT056399.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-7aph:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Tofogliflozin.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-7aqe:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to UNC-2327
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.39 Å

PDB-7aqi:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Ifenprodil
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-7aqj:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Triglycidyl isocyanurate.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.59 Å

PDB-7ar5:
Structure of apo SARS-CoV-2 Main Protease with small beta angle, space group C2.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-7ar6:
Structure of apo SARS-CoV-2 Main Protease with large beta angle, space group C2.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-7arf:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to thioglucose.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-7avd:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to SEN1269 ligand
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7awr:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Tegafur
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.34 Å

PDB-7aws:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to TH-302.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å

PDB-7awu:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to LSN2463359.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.07 Å

PDB-7aww:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Clonidine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-7ax6:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Glutathione isopropyl ester
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-7axm:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Pelitinib
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-7axo:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to AR-42.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-7ay7:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to Isofloxythepin
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7b83:
Structure of SARS-CoV-2 Main Protease bound to pyrithione zinc
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7nev:
Structure of the hemiacetal complex between the SARS-CoV-2 Main Protease and Leupeptin
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

化合物

ChemComp-P6N:
(2~{S})-2-methyl-3,4-dihydro-2~{H}-naphthalen-1-one / (2S)-2-メチルテトラリン-1-オン

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM / ジメチルスルホキシド

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-A82:
2-[[(1R)-1-(7-methyl-2-morpholin-4-yl-4-oxidanylidene-pyrido[1,2-a]pyrimidin-9-yl)ethyl]amino]benzoic acid

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-FUA:
FUSIDIC ACID / フシジン酸 / 抗生剤, Antimicrobial*YM / フシジン酸

ChemComp-IMD:
IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール

ChemComp-R6Q:
1'-[2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl]spiro[1~{H}-3,1-benzoxazine-4,4'-piperidine]-2-one / RS-102895

ChemComp-R7Q:
2-methyl-1-(4-methylphenyl)propan-1-one / 4′-メチルイソブチロフェノン

ChemComp-R9W:
2,3,5,6,7,8-hexahydro-1~{H}-cyclopenta[b]quinolin-9-amine / イピダクリン / 阻害剤*YM / Ipidacrine

ChemComp-LZE:
4-{[(2,6-dichlorophenyl)carbonyl]amino}-N-piperidin-4-yl-1H-pyrazole-3-carboxamide / AT-7519

ChemComp-SIN:
SUCCINIC ACID / コハク酸 / コハク酸

ChemComp-CB1:
5-(AZIRIDIN-1-YL)-2,4-DINITROBENZAMIDE

ChemComp-RMZ:
(3~{S})-3-[2-[4-(3,4-dimethylphenyl)piperazin-1-yl]ethyl]-2,3-dihydroisoindol-1-one / (S)-PD-172938

ChemComp-RNW:
2-[(diphenylmethyl)-oxidanyl-$l^{3}-sulfanyl]-~{N}-oxidanyl-ethanamide

ChemComp-RQH:
(1~{S})-1-(4-chloranylphenoxy)-1-imidazol-1-yl-3,3-dimethyl-butan-2-one / 抗真菌剤*YM / Climbazole

ChemComp-RQN:
4-(4-ethyl-5-fluoranyl-2-oxidanyl-phenoxy)-3-fluoranyl-benzamide

ChemComp-RT2:
Tofogliflozin / 阻害剤*YM / トホグリフロジン

ChemComp-RV5:
N-1,2,3-Benzothiadiazol-6-yl-N'-[2-oxo-2-(1-piperidinyl)ethyl]urea also called unc-2327

ChemComp-QEL:
4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol / (1R,2S)-2-(4-ベンジルピペリジノ)-1-(4-ヒドロキシフェニル)プロパン-1-オ-ル / 阻害剤*YM / イフェンプロジル

ChemComp-S7H:
1-[(2~{R})-2-oxidanylpropyl]-3-[[(2~{R})-oxiran-2-yl]methyl]-5-[[(2~{S})-oxiran-2-yl]methyl]-1,3,5-triazinane-2,4,6-trione

ChemComp-RV8:
Triglycidyl isocyanurate / 1,3,5-トリ[(オキシラン-2β-イル)メチル]-1,3,5-トリアジン-2,4,6(1H,3H,5H)-トリオン

ChemComp-RVW:
(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-sulfanyl-oxane-3,4,5-triol

ChemComp-S1W:
3-[[5-[3-(dimethylamino)phenoxy]pyrimidin-2-yl]amino]phenol

ChemComp-S7W:
TEGAFUR / 5-フルオロ-1-[(R)-テトラヒドロフラン-2-イル]ウラシル / テガフール

ChemComp-S8E:
5-[[(2-bromoethylamino)-(ethylamino)phosphoryl]oxymethyl]-1-methyl-~{N},~{N}-bis(oxidanyl)imidazol-2-amine

ChemComp-S8B:
~{N}-propan-2-yl-5-(2-pyridin-4-ylethynyl)pyridine-2-carboxamide / LSN-2463359

ChemComp-CLU:
2,6-DICHLORO-N-IMIDAZOLIDIN-2-YLIDENEANILINE / クロニジン / 薬剤, アゴニスト*YM / クロニジン

ChemComp-S8H:
(2~{S})-2-azanyl-5-oxidanylidene-5-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-1-[(2-oxidanylidene-2-propan-2-yloxy-ethyl)amino]-3-sulfanyl-propan-2-yl]amino]pentanoic acid

ChemComp-93J:
(2E)-N-{4-[(3-chloro-4-fluorophenyl)amino]-3-cyano-7-ethoxyquinolin-6-yl}-4-(dimethylamino)but-2-enamide / (E)-N-[3-シアノ-4-[(4-フルオロ-3-クロロフェニル)アミノ]-7-エトキシキノリン-6-イル]-4-((以下略)

ChemComp-QCP:
AR-42 / N-ヒドロキシ-4-[(S)-3-メチル-2-フェニルブチリルアミノ]ベンズアミド / 阻害剤*YM / ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤

ChemComp-S8T:
9-fluoranyl-3-propan-2-yl-5,6-dihydrobenzo[b][1]benzothiepine

ChemComp-PK8:
9-oxa-7-thia-1-azonia-8$l^{2}-zincabicyclo[4.3.0]nona-1,3,5-triene

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • synthetic construct (人工物)
  • streptomyces roseus (バクテリア)
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / mPro / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / COVID-!9 / HYDROLASE (加水分解酵素) / virus protease / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / screen / Main protease (3C様プロテアーゼ) / anti-viral (抗ウイルス薬) / Covid-19 pandemic

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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