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Structure paper

タイトルAtomic structures determined from digitally defined nanocrystalline regions.
ジャーナル・号・ページIUCrJ, Vol. 7, Issue Pt 3, Page 490-499, Year 2020
掲載日2020年5月1日
著者Marcus Gallagher-Jones / Karen C Bustillo / Colin Ophus / Logan S Richards / Jim Ciston / Sangho Lee / Andrew M Minor / Jose A Rodriguez /
PubMed 要旨Nanocrystallography has transformed our ability to interrogate the atomic structures of proteins, peptides, organic molecules and materials. By probing atomic level details in ordered sub-10 nm ...Nanocrystallography has transformed our ability to interrogate the atomic structures of proteins, peptides, organic molecules and materials. By probing atomic level details in ordered sub-10 nm regions of nanocrystals, scanning nanobeam electron diffraction extends the reach of nanocrystallography and in principle obviates the need for diffraction from large portions of one or more crystals. Scanning nanobeam electron diffraction is now applied to determine atomic structures from digitally defined regions of beam-sensitive peptide nanocrystals. Using a direct electron detector, thousands of sparse diffraction patterns over multiple orientations of a given crystal are recorded. Each pattern is assigned to a specific location on a single nanocrystal with axial, lateral and angular coordinates. This approach yields a collection of patterns that represent a tilt series across an angular wedge of reciprocal space: a scanning nanobeam diffraction tomogram. Using this diffraction tomogram, intensities can be digitally extracted from any desired region of a scan in real or diffraction space, exclusive of all other scanned points. Intensities from multiple regions of a crystal or from multiple crystals can be merged to increase data completeness and mitigate missing wedges. It is demonstrated that merged intensities from digitally defined regions of two crystals of a segment from the OsPYL/RCAR5 protein produce fragment-based solutions that can be refined to atomic resolution, analogous to structures determined by selected-area electron diffraction. In allowing atomic structures to now be determined from digitally outlined regions of a nanocrystal, scanning nanobeam diffraction tomography breaks new ground in nanocrystallography.
リンクIUCrJ / PubMed:32431832 / PubMed Central
手法EM (電子線結晶学)
解像度0.9 - 1.351 Å
構造データ

PDB-6uop:
OsPYL/RCAR5 (24 - 29) solved by nanobeam diffraction tomography
手法: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / 解像度: 1.351 Å

PDB-6uoq:
OsPYL/RCAR5 residues 24-29 solved from electron diffraction stills
手法: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / 解像度: 1.007 Å

PDB-6uor:
MicroED structure of OsPYL/RCAR5 (24-29) at 3 e-/A^2
手法: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / 解像度: 0.9 Å

PDB-6uos:
MicroED structure of OsPYL/RCAR5 (24-29) at 6 e-/A^2
手法: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / 解像度: 0.9 Å

PDB-6uou:
MicroED structure of OsPYL/RCAR5 (24-29) at 9 e-/A^2
手法: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / 解像度: 1.04 Å

PDB-6uow:
MicroED structure of OsPYL/RCAR5 (24-29) at 12 e-/A^2
手法: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / 解像度: 1.2 Å

由来
  • oryza sativa (イネ)
キーワードPROTEIN FIBRIL / protofilament

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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