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タイトルStructure of SAGA and mechanism of TBP deposition on gene promoters.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 577, Issue 7792, Page 711-716, Year 2020
掲載日2020年1月22日
著者Gabor Papai / Alexandre Frechard / Olga Kolesnikova / Corinne Crucifix / Patrick Schultz / Adam Ben-Shem /
PubMed 要旨SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) is a 19-subunit complex that stimulates transcription via two chromatin-modifying enzymatic modules and by delivering the TATA box binding protein (TBP) to ...SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) is a 19-subunit complex that stimulates transcription via two chromatin-modifying enzymatic modules and by delivering the TATA box binding protein (TBP) to nucleate the pre-initiation complex on DNA, a pivotal event in the expression of protein-encoding genes. Here we present the structure of yeast SAGA with bound TBP. The core of the complex is resolved at 3.5 Å resolution (0.143 Fourier shell correlation). The structure reveals the intricate network of interactions that coordinate the different functional domains of SAGA and resolves an octamer of histone-fold domains at the core of SAGA. This deformed octamer deviates considerably from the symmetrical analogue in the nucleosome and is precisely tuned to establish a peripheral site for TBP, where steric hindrance represses binding of spurious DNA. Complementary biochemical analysis points to a mechanism for TBP delivery and release from SAGA that requires transcription factor IIA and whose efficiency correlates with the affinity of DNA to TBP. We provide the foundations for understanding the specific delivery of TBP to gene promoters and the multiple roles of SAGA in regulating gene expression.
リンクNature / PubMed:31969704
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 20.0 Å
構造データ

10438

6tb4

EMDB-10438: SAGA bound to TBP - whole structure
PDB-6tb4: Structure of SAGA bound to TBP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-10440:
SAGA Tra1 lobe locally refined
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-10441:
SAGA Main lobe locally refined
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

10446

6tbm

EMDB-10446: SAGA-TBP filtered to show the position of the DUB domain
PDB-6tbm: Structure of SAGA bound to TBP, including Spt8 and DUB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-10447:
Transcription co-activator complex SAGA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.92 Å

EMDB-10448:
Focused 3D classification to reveal the position of TBP bound to SAGA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.2 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • komagataella phaffii gs115 (菌類)
  • komagataella phaffii (strain gs115 / atcc 20864) (菌類)
  • Komagataella phaffii (菌類)
  • homo sapiens (ヒト)
  • Yeast (酵母)
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional co-activator / Histone-acetylation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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