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タイトルIn crystallo-screening for discovery of human norovirus 3C-like protease inhibitors.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol X, Vol. 4, Page 100031-100031, Year 2020
掲載日2019年10月5日 (構造データの登録日)
著者Guo, J. / Douangamath, A. / Song, W. / Coker, A.R. / Chan, A.W.E. / Wood, S.P. / Cooper, J.B. / Resnick, E. / London, N. / Delft, F.V.
リンクJ Struct Biol X / PubMed:32743543
手法X線回折
解像度1.3 - 2.07 Å
構造データ

PDB-6t1q:
3C-like protease from Southampton norovirus.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-6t2i:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000157a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.61 Å

PDB-6t2x:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000004a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

PDB-6t3g:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000324a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

PDB-6t49:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000582a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.56 Å

PDB-6t4e:
Native C3-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000287a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-6t4s:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000013a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.02 Å

PDB-6t5d:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000014a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.42 Å

PDB-6t5r:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000091a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-6t6w:
3C-like protease from Southampton virus complexed with XST00000692b.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-6t71:
3C-like protease from Southampton virus complexed with XST00000375b.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.52 Å

PDB-6t82:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000542a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.46 Å

PDB-6t8r:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000605a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

PDB-6t8t:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000603a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-6tal:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000227a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.51 Å

PDB-6taw:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000411a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

PDB-6tbo:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000363a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.07 Å

PDB-6tbp:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000490a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.56 Å

PDB-6tc1:
3C-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000283a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-6tcf:
3C-like protease from Southampton virus complexed with XST00000642b.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-6tgl:
3c-like protease from Southampton virus complexed with FMOPL000644a.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.99 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-JFM:
N-(2-phenylethyl)methanesulfonamide / N-フェネチルメタンスルホンアミド

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM / ジメチルスルホキシド

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-JFJ:
1-(3-chlorophenyl)-N-methylmethanamine / メチル(3-クロロベンジル)アミン

ChemComp-JOV:
3-chloro-N-(1-hydroxy-2-methylpropan-2-yl)benzamide

ChemComp-MH5:
3-[(5-methylthiophen-2-yl)methylamino]benzoic acid

ChemComp-HWH:
~{N}-[2-(5-fluoranyl-1~{H}-indol-3-yl)ethyl]ethanamide / N-[2-(5-フルオロ-1H-インド-ル-3-イル)エチル]アセトアミド

ChemComp-K2P:
2-(trifluoromethoxy)benzoic acid / 2-(トリフルオロメトキシ)安息香酸

ChemComp-MJW:
2-phenylmethoxyaniline / 2-(ベンジルオキシ)アニリン

ChemComp-MKN:
3-(5-thiophen-2-ylthiophen-2-yl)-1~{H}-pyrazole

ChemComp-JL7:
2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,3-thiazole-4-carboxylic acid

ChemComp-MQB:
2-(1-benzofuran-3-yl)ethanoic acid / ベンゾフラン-3-酢酸

ChemComp-MUK:
4,6-dimethyl-~{N}-phenyl-pyrimidin-2-amine / ピリメタニル / Pyrimethanil

ChemComp-GVY:
4-(5-amino-1,3,4-thiadiazol-2-yl)phenol

ChemComp-YI6:
2-(4-ethoxyphenyl)ethanoic acid / 4-エトキシフェニル酢酸

ChemComp-TFA:
trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸 / トリフルオロ酢酸

ChemComp-MZW:
5-ethyl-1,3,4-thiadiazol-2-amine / 5-エチル-1,3,4-チアジアゾ-ル-2-アミン

ChemComp-N08:
~{N}-[2-(4-fluorophenyl)ethyl]furan-2-carboxamide

ChemComp-N0E:
~{N}-(4-hydroxyphenyl)-3-phenyl-propanamide / N-(4-ヒドロキシフェニル)-3-フェニルプロパンアミド

ChemComp-N0H:
~{N}-(2-hydroxyphenyl)-2-phenoxy-ethanamide

ChemComp-N1E:
methyl quinoline-6-carboxylate / キノリン-6-カルボン酸メチル

ChemComp-LVP:
~{N}'-(2-fluorophenyl)-1,2-oxazole-5-carbohydrazide

由来
  • southampton virus (serotype 3) (ウイルス)
  • southampton virus (strain gi/human/united kingdom/southampton/1991) (ウイルス)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Viral protease.

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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