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Structure paper

タイトルThe cryo-EM Structure of β-Galactosidase: Quaternary Structure Guides Protein Engineering.
ジャーナル・号・ページACS Chem Biol, Vol. 15, Issue 1, Page 179-188, Year 2020
掲載日2020年1月17日
著者Samuel Míguez Amil / Elena Jiménez-Ortega / Mercedes Ramírez-Escudero / David Talens-Perales / Julia Marín-Navarro / Julio Polaina / Julia Sanz-Aparicio / Rafael Fernandez-Leiro /
PubMed 要旨Lactose intolerance is a common digestive disorder that affects a large proportion of the adult human population. The severity of the symptoms is highly variable, depending on the susceptibility to ...Lactose intolerance is a common digestive disorder that affects a large proportion of the adult human population. The severity of the symptoms is highly variable, depending on the susceptibility to the sugar and the amount digested. For that reason, enzymes that can be used for the production of lactose-free milk and milk derivatives have acquired singular biotechnological importance. One such case is β-galactosidase (TmLac). Here, we report the cryo-EM structure of TmLac at 2.0 Å resolution. The protein features a newly solved domain at its C-terminus, characteristic of the genus , which promotes a peculiar octameric arrangement. We have assessed the constraints imposed by the quaternary protein structure on the construction of hybrid versions of this GH2 enzyme. Carbohydrate binding modules (CBM) from the CBM2 and CBM9 families have been added at either the amino or carboxy terminus, and the structural and functional effects of such modifications have been analyzed. The results provide a basis for the rational design of hybrid enzymes that can be efficiently attached to different solid supports.
リンクACS Chem Biol / PubMed:31874027
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.0 - 3.7 Å
構造データ

10109

6s6z

EMDB-10109, PDB-6s6z:
Structure of beta-Galactosidase from Thermotoga maritima
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

PDB-6sd0:
Structure of beta-galactosidase from Thermotoga maritima.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • thermotoga maritima msb8 (バクテリア)
キーワードHYDROLASE / BETA-GALACTOSIDASE / CARBOHYDRATE / GLUCOSYL HYDROLASE / THERMOTOGA MARITIMA / TRANSGLYCOSYLATION / IMMOBILIZATION / CRYOEM / GRAPHENE-OXIDE / GALACTOOLIGOSACCHARIDES / GLYCOSIDE HYDROLASE / HYDROLYSIS / GALACTOOLIGOSACCHARIDE / THERMORESISTANT / LACTOSE / GLYCOSYL HYDROLASE 2 FAMILY. SUGAR BINDING PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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