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タイトルExit tunnel modulation as resistance mechanism of S. aureus erythromycin resistant mutant.
ジャーナル・号・ページSci Rep, Vol. 9, Issue 1, Page 11460, Year 2019
掲載日2019年8月7日
著者Yehuda Halfon / Donna Matzov / Zohar Eyal / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Jette Kjeldgaard / Hanne Ingmer / Ada Yonath /
PubMed 要旨The clinical use of the antibiotic erythromycin (ery) is hampered owing to the spread of resistance genes that are mostly mutating rRNA around the ery binding site at the entrance to the protein exit ...The clinical use of the antibiotic erythromycin (ery) is hampered owing to the spread of resistance genes that are mostly mutating rRNA around the ery binding site at the entrance to the protein exit tunnel. Additional effective resistance mechanisms include deletion or insertion mutations in ribosomal protein uL22, which lead to alterations of the exit tunnel shape, located 16 Å away from the drug's binding site. We determined the cryo-EM structures of the Staphylococcus aureus 70S ribosome, and its ery bound complex with a two amino acid deletion mutation in its ß hairpin loop, which grants the bacteria resistance to ery. The structures reveal that, although the binding of ery is stable, the movement of the flexible shorter uL22 loop towards the tunnel wall creates a wider path for nascent proteins, thus enabling bypass of the barrier formed by the drug. Moreover, upon drug binding, the tunnel widens further.
リンクSci Rep / PubMed:31391518 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 3.58 Å
構造データ

10076

6s0x

EMDB-10076, PDB-6s0x:
Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta R88 A89 uL22) in complex with erythromycin.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.425 Å

10077

6s0z

EMDB-10077, PDB-6s0z:
Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 50S ribosome (delta R88 A89 uL22) in complex with erythromycin.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

10078

6s12

EMDB-10078, PDB-6s12:
Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 50S ribosome (delta R88 A89 uL22).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

10079

6s13

EMDB-10079, PDB-6s13:
Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta R88 A89 uL22).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

化合物

ChemComp-ERY:
ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン / 抗生剤*YM

由来
  • staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
キーワードRIBOSOME / antibiotics / resistance / Staphylococcus aureus / exit tunnel / RNA / rProteins / erythromycin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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