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タイトルCas9 Allosteric Inhibition by the Anti-CRISPR Protein AcrIIA6.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 76, Issue 6, Page 922-937.e7, Year 2019
掲載日2019年12月19日
著者Olivier Fuchsbauer / Paolo Swuec / Claire Zimberger / Béatrice Amigues / Sébastien Levesque / Daniel Agudelo / Alexis Duringer / Antonio Chaves-Sanjuan / Silvia Spinelli / Geneviève M Rousseau / Minja Velimirovic / Martino Bolognesi / Alain Roussel / Christian Cambillau / Sylvain Moineau / Yannick Doyon / Adeline Goulet /
PubMed 要旨In the arms race against bacteria, bacteriophages have evolved diverse anti-CRISPR proteins (Acrs) that block CRISPR-Cas immunity. Acrs play key roles in the molecular coevolution of bacteria with ...In the arms race against bacteria, bacteriophages have evolved diverse anti-CRISPR proteins (Acrs) that block CRISPR-Cas immunity. Acrs play key roles in the molecular coevolution of bacteria with their predators, use a variety of mechanisms of action, and provide tools to regulate Cas-based genome manipulation. Here, we present structural and functional analyses of AcrIIA6, an Acr from virulent phages, exploring its unique anti-CRISPR action. Our cryo-EM structures and functional data of AcrIIA6 binding to Streptococcus thermophilus Cas9 (St1Cas9) show that AcrIIA6 acts as an allosteric inhibitor and induces St1Cas9 dimerization. AcrIIA6 reduces St1Cas9 binding affinity for DNA and prevents DNA binding within cells. The PAM and AcrIIA6 recognition sites are structurally close and allosterically linked. Mechanistically, AcrIIA6 affects the St1Cas9 conformational dynamics associated with PAM binding. Finally, we identify a natural St1Cas9 variant resistant to AcrIIA6 illustrating Acr-driven mutational escape and molecular diversification of Cas9 proteins.
リンクMol Cell / PubMed:31604602
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.3 Å
構造データ

4900

6rj9

EMDB-4900, PDB-6rj9:
Cryo-EM structure of St1Cas9-sgRNA-tDNA20-AcrIIA6 monomeric assembly.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

4901

6rja

EMDB-4901, PDB-6rja:
Cryo-EM structure of St1Cas9-sgRNA-tDNA20-AcrIIA6 dimeric assembly.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

4902

6rjd

EMDB-4902, PDB-6rjd:
Cryo-EM structure of St1Cas9-sgRNA-tDNA59-ntPAM complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

4904

6rjg

EMDB-4904, PDB-6rjg:
Cryo-EM structure of St1Cas9-sgRNA-AcrIIA6-tDNA59-ntPAM complex.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

由来
  • streptococcus phage d1811 (ファージ)
  • streptococcus thermophilus (strain atcc baa-491 / lmd-9) (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
  • streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
  • streptococcus virus 2972 (ウイルス)
  • streptococcus thermophilus dgcc 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
  • streptococcus phage 2972 (ファージ)
キーワードHYDROLASE / CRISPR-Cas9 / anti-CRISPR protein / bacteriophages / Streptococcus thermophilus Cas9 / St1Cas9

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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