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キーワード
構造解析手法	All X線回折 NMR 電子顕微鏡小角散乱中性子線回折線維回折粉末回折赤外分光 EPR FRET 理論モデルハイブリッド
著者・登録者
ジャーナル
IF	>30 >20 >10 >5 all

タイトル	Discovery of novel Cyclophilin D inhibitors starting from three dimensional fragments with millimolar potencies.
ジャーナル・号・ページ	Bioorg. Med. Chem. Lett., Vol. 29, Page 126717-126717, Year 2019
掲載日	2019年4月2日 (構造データの登録日)
著者	Gradler, U. / Schwarz, D. / Blaesse, M. / Leuthner, B. / Johnson, T.L. / Bernard, F. / Jiang, X. / Marx, A. / Gilardone, M. / Lemoine, H. ...Gradler, U. / Schwarz, D. / Blaesse, M. / Leuthner, B. / Johnson, T.L. / Bernard, F. / Jiang, X. / Marx, A. / Gilardone, M. / Lemoine, H. / Roche, D. / Jorand-Lebrun, C.
リンク	Bioorg. Med. Chem. Lett. / PubMed:31635932
手法	X線回折
解像度	1.26 - 2 Å
構造データ	PDB-6r8l: Human Cyclophilin D in complex with 1-((1S,9S,10S)-10-Hydroxy-12-oxa-8-aza-tricyclo[7.3.1.02,7]trideca-2,4,6-trien-4-ylmethyl)-3- {2-[(R)-2-(2-methylsulfanyl-phenyl)-pyrrolidin-1-yl]-2-oxo-ethyl}-urea 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.64 Å PDB-6r8o: Human Cyclophilin D in complex with 1-(((2R,3S,6R)-3-hydroxy-2,3,4,6-tetrahydro-1H-2,6-methanobenzo[c][1,5]oxazocin-8-yl)methyl)-3-(2-((R)-2-(2-(methylthio)phenyl)pyrrolidin-1-yl)-2-oxoethyl)urea 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.36 Å PDB-6r8w: Human Cyclophilin D in complex with 2-(exo-3,5-Dioxo-4-aza-tricyclo[5.2.1.02,6]dec-4-yl)-N-((1R,9R,10S)-10-hydroxy-12-oxa-8-aza-tricyclo[7.3.1.02,7]trideca-2(7),3,5-trien-4-ylmethyl)-acetamide 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å PDB-6r9s: Human Cyclophilin D in complex with bicyclic fragment 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å PDB-6r9u: Human Cyclophilin D in complex with fragment 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.26 Å PDB-6r9x: Human Cyclophilin D in complex with N-cyclopentyl-N'-pyridin-2-ylmethyl-oxalamide 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å PDB-6ra1: Human Cyclophilin D in complex with norbornane fragment derivative 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å
化合物	ChemComp-JUZ: 1-[2-[(2~{R})-2-(2-methylsulfanylphenyl)pyrrolidin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]-3-[[(1~{S},9~{S},10~{S})-10-oxidanyl-12-oxa-8-azatricyclo[7.3.1.0^{2,7}]trideca-2(7),3,5-trien-4-yl]methyl]urea ChemComp-HOH: WATER ChemComp-PG4: TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤YM ChemComp-SO4: SULFATE ION / 硫酸ジアニオン ChemComp-PO4: PHOSPHATE ION / ホスファ-ト ChemComp-JV2: 1-(((2R,3S,6R)-3-hydroxy-2,3,4,6-tetrahydro-1H-2,6-methanobenzo[c][1,5]oxazocin-8-yl)methyl)-3-(2-((R)-2-(2-(methylthio)phenyl)pyrrolidin-1-yl)-2-oxoethyl)urea ChemComp-O4B: 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / 18-クラウン-6 ChemComp-P6G: HEXAETHYLENE GLYCOL / ヘキサエチレングリコ-ル / 沈殿剤YM ChemComp-JVH: 2-(exo-3,5-Dioxo-4-aza-tricyclo[5.2.1.02,6]dec-4-yl)-N-((1R,9R,10S)-10-hydroxy-12-oxa-8-aza-tricyclo[7.3.1.02,7]trideca-2(7),3,5-trien-4-ylmethyl)-acetamide ChemComp-JVN: (1~{R},9~{R},10~{S})-4-fluoranyl-12-oxa-8-azatricyclo[7.3.1.0^{2,7}]trideca-2(7),3,5-trien-10-ol ChemComp-1PE: PENTAETHYLENE GLYCOL / ペンタエチレングリコ-ル / 沈殿剤YM ChemComp-JVQ: 14-ethyl-4,6-dioxa-10,14-diazatricyclo[7.6.0.0^{3,7}]pentadeca-1(9),2,7-trien-13-one ChemComp-PGE: TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル ChemComp-JW2: ~{N}'-cyclopentyl-~{N}-(pyridin-2-ylmethyl)ethanediamide ChemComp-JWB: 2-[(1~{R},2~{R},6~{S},7~{S})-3,5-bis(oxidanylidene)-4-azatricyclo[5.2.1.0^{2,6}]decan-4-yl]ethanoic acid ChemComp-PEG*: DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル
由来	homo sapiens (ヒト)
キーワード	ISOMERASE / CYCLOPHILIN / BETA BARREL / PROLYL CIS/TRANS ISOMERASE / MITOC