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Structure paper

タイトルConformational transitions in the active site of mycobacterial 2-oxoglutarate dehydrogenase upon binding phosphonate analogues of 2-oxoglutarate: From a Michaelis-like complex to ThDP adducts.
ジャーナル・号・ページJ. Struct. Biol., Vol. 208, Page 182-190, Year 2019
掲載日2019年3月15日 (構造データの登録日)
著者Wagner, T. / Boyko, A. / Alzari, P.M. / Bunik, V.I. / Bellinzoni, M.
リンクJ. Struct. Biol. / PubMed:31476368
手法X線回折
解像度1.67 - 2.3 Å
構造データ

PDB-6r29:
Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD cocrystallized with succinylphosphonate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-6r2a:
Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD cocrystallized with succinylphosphonate phosphonoethyl ester (PESP)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-6r2b:
Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD after soaking with succinylphosphonate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.96 Å

PDB-6r2c:
Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD after soaking with succinylphosphonate phosphonoethyl ester (PESP)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.09 Å

PDB-6r2d:
Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD after soaking with succinylphosphonate phosphonoethyl ester, followed by temperature increase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

化合物

ChemComp-QSP:
(4~{S})-4-[(2~{R})-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-5-[2-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxyethyl]-2~{H}-1,3-thiazol-2-yl]-4-oxidanyl-4-phosphono-butanoic acid

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ZP1:
(4~{S})-4-[(2~{R})-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-5-[2-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxyethyl]-2~{H}-1,3-thiazol-2-yl]-4-[ethoxy(oxidanyl)phosphoryl]-4-oxidanyl-butanoic acid

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-TPP:
THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)

ChemComp-JQ5:
4-[ethoxy(oxidanyl)phosphoryl]-4-oxidanylidene-butanoic acid / 4-(エトキシホスホニル)-4-オキソブタン酸

由来
  • mycobacterium smegmatis (strain atcc 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxoglutarate dehydrogenase / TPP-dependent decarboxylase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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