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タイトルCryo-EM Studies of TMEM16F Calcium-Activated Ion Channel Suggest Features Important for Lipid Scrambling.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 28, Issue 2, Page 567-579.e4, Year 2019
掲載日2019年7月9日
著者Shengjie Feng / Shangyu Dang / Tina Wei Han / Wenlei Ye / Peng Jin / Tong Cheng / Junrui Li / Yuh Nung Jan / Lily Yeh Jan / Yifan Cheng /
PubMed 要旨As a Ca-activated lipid scramblase and ion channel that mediates Ca influx, TMEM16F relies on both functions to facilitate extracellular vesicle generation, blood coagulation, and bone formation. How ...As a Ca-activated lipid scramblase and ion channel that mediates Ca influx, TMEM16F relies on both functions to facilitate extracellular vesicle generation, blood coagulation, and bone formation. How a bona fide ion channel scrambles lipids remains elusive. Our structural analyses revealed the coexistence of an intact channel pore and PIP-dependent protein conformation changes leading to membrane distortion. Correlated to the extent of membrane distortion, many tightly bound lipids are slanted. Structure-based mutagenesis studies further reveal that neutralization of some lipid-binding residues or those near membrane distortion specifically alters the onset of lipid scrambling, but not Ca influx, thus identifying features outside of channel pore that are important for lipid scrambling. Together, our studies demonstrate that membrane distortion does not require open hydrophilic grooves facing the membrane interior and provide further evidence to suggest separate pathways for lipid scrambling and ion permeation.
リンクCell Rep / PubMed:31291589 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.9 Å
構造データ

20244

6p46

EMDB-20244, PDB-6p46:
Cryo-EM structure of TMEM16F in digitonin with calcium bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

20245

6p47

EMDB-20245, PDB-6p47:
Cryo-EM structure of TMEM16F in digitonin without calcium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

20246

6p48

EMDB-20246, PDB-6p48:
Cryo-EM structure of calcium-bound TMEM16F in nanodisc with supplement of PIP2 in Cl1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

20247

6p49

EMDB-20247, PDB-6p49:
Cryo-EM structure of calcium-bound TMEM16F in nanodisc with supplement of PIP2 in Cl2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TMEM16F / scramblase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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