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タイトルSecond Messenger cA Formation within the Composite Csm1 Palm Pocket of Type III-A CRISPR-Cas Csm Complex and Its Release Path.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 75, Issue 5, Page 933-943.e6, Year 2019
掲載日2019年9月5日
著者Ning Jia / Roger Jones / George Sukenick / Dinshaw J Patel /
PubMed 要旨Target RNA binding to crRNA-bound type III-A CRISPR-Cas multi-subunit Csm surveillance complexes activates cyclic-oligoadenylate (cA) formation from ATP subunits positioned within the composite pair ...Target RNA binding to crRNA-bound type III-A CRISPR-Cas multi-subunit Csm surveillance complexes activates cyclic-oligoadenylate (cA) formation from ATP subunits positioned within the composite pair of Palm domain pockets of the Csm1 subunit. The generated cA second messenger in turn targets the CARF domain of trans-acting RNase Csm6, triggering its HEPN domain-based RNase activity. We have undertaken cryo-EM studies on multi-subunit Thermococcus onnurineus Csm effector ternary complexes, as well as X-ray studies on Csm1-Csm4 cassette, both bound to substrate (AMPPNP), intermediates (pppA), and products (cA), to decipher mechanistic aspects of cA formation and release. A network of intermolecular hydrogen bond alignments accounts for the observed adenosine specificity, with ligand positioning dictating formation of linear pppA intermediates and subsequent cA formation by cyclization. We combine our structural results with published functional studies to highlight mechanistic insights into the role of the Csm effector complex in mediating the cA signaling pathway.
リンクMol Cell / PubMed:31326272 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.4 - 3.2 Å
構造データ

0640

6o7e

EMDB-0640, PDB-6o7e:
Cryo-EM structure of Csm-crRNA-target RNA ternary complex in complex with AMPPNP in type III-A CRISPR-Cas system
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

0641

6o7h

EMDB-0641, PDB-6o7h:
Cryo-EM structure of Csm-crRNA-target RNA ternary complex in complex with cA4 in type III-A CRISPR-Cas system
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

0642

6o7i

EMDB-0642, PDB-6o7i:
Cryo-EM structure of Csm-crRNA-target RNA ternary bigger complex in complex with cA4 in type III-A CRISPR-Cas system
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

PDB-6o73:
Crystal structure of apo Csm1-Csm4 cassette
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.0 Å

PDB-6o74:
Crystal structure of Csm1-Csm4 cassette in complex with AMPPNP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.71 Å

PDB-6o75:
Crystal structure of Csm1-Csm4 cassette in complex with pppApA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-6o78:
Crystal structure of Csm1-Csm4 cassette in complex with pppApApA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-6o79:
Crystal structure of Csm1-Csm4 cassette in complex with cA3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.0 Å

PDB-6o7b:
Crystal structure of Csm1-Csm4 cassette in complex with cA4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-6o7d:
Crystal structure of Csm1-Csm4 cassette in complex with one ATP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.81 Å

化合物

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-G:
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP

由来
  • thermococcus onnurineus (古細菌)
  • thermococcus onnurineus (strain na1) (古細菌)
  • thermococcus onnurineus na1 (古細菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Type III-A CRISPR-Cas system / apo Csm1-Csm4 cassette / aCsm1-Csm4 cassette in complex with AMPPNP / immune system/rna / Csm1-Csm4 cassette in complex with pppApA / immune system-dna complex / immune system-rna complex / Csm1-Csm4 cassette in complex with pppApApA / immune sytem/rna / Csm1-Csm4 cassette in complex with cA3 / immune sytem-rna complex / Csm1-Csm4 cassette in complex with cA4 / Csm1-Csm4 cassette in complex with one ATP / cryo-EM structure / Csm-crRNA-target RNA ternary complex in complex with AMPPNP / Type III CRISPR-Cas systerm / immune system/rna/dna / Csm-crRNA-target RNA ternary complex in complex with CA4 / immune system-rna-dna complex / Csm-crRNA-target RNA ternary bigger complex in complex with CA4

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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