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Structure paper

タイトルEffects of α-tubulin acetylation on microtubule structure and stability.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 116, Issue 21, Page 10366-10371, Year 2019
掲載日2019年5月21日
著者Lisa Eshun-Wilson / Rui Zhang / Didier Portran / Maxence V Nachury / Daniel B Toso / Thomas Löhr / Michele Vendruscolo / Massimiliano Bonomi / James S Fraser / Eva Nogales /
PubMed 要旨Acetylation of K40 in α-tubulin is the sole posttranslational modification to mark the luminal surface of microtubules. It is still controversial whether its relationship with microtubule ...Acetylation of K40 in α-tubulin is the sole posttranslational modification to mark the luminal surface of microtubules. It is still controversial whether its relationship with microtubule stabilization is correlative or causative. We have obtained high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstructions of pure samples of αTAT1-acetylated and SIRT2-deacetylated microtubules to visualize the structural consequences of this modification and reveal its potential for influencing the larger assembly properties of microtubules. We modeled the conformational ensembles of the unmodified and acetylated states by using the experimental cryo-EM density as a structural restraint in molecular dynamics simulations. We found that acetylation alters the conformational landscape of the flexible loop that contains αK40. Modification of αK40 reduces the disorder of the loop and restricts the states that it samples. We propose that the change in conformational sampling that we describe, at a location very close to the lateral contacts site, is likely to affect microtubule stability and function.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:31072936 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.3 - 4.1 Å
構造データ

0612

6o2q

EMDB-0612: CryoEM Density of Acetylated Microtubules
PDB-6o2q: Acetylated Microtubules
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.7 Å

0613

6o2r

EMDB-0613, PDB-6o2r:
Deacetylated Microtubules
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.3 Å

0614

6o2s

EMDB-0614, PDB-6o2s:
Deacetylated Microtubules
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.0 Å

0615

6o2t

EMDB-0615, PDB-6o2t:
Acetylated Microtubules
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.1 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • sus scrofa (ブタ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / microtubule / cytoskeleton / acetylation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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