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タイトルCoupling of 5S RNP rotation with maturation of functional centers during large ribosomal subunit assembly.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 3751, Year 2020
掲載日2020年7月27日
著者Jelena Micic / Yu Li / Shan Wu / Daniel Wilson / Beril Tutuncuoglu / Ning Gao / John L Woolford /
PubMed 要旨The protein composition and structure of assembling 60S ribosomal subunits undergo numerous changes as pre-ribosomes transition from the nucleolus to the nucleoplasm. This includes stable anchoring ...The protein composition and structure of assembling 60S ribosomal subunits undergo numerous changes as pre-ribosomes transition from the nucleolus to the nucleoplasm. This includes stable anchoring of the Rpf2 subcomplex containing 5S rRNA, rpL5, rpL11, Rpf2 and Rrs1, which initially docks onto the flexible domain V of rRNA at earlier stages of assembly. In this work, we tested the function of the C-terminal domain (CTD) of Rpf2 during these anchoring steps, by truncating this extension and assaying effects on middle stages of subunit maturation. The rpf2Δ255-344 mutation affects proper folding of rRNA helices H68-70 during anchoring of the Rpf2 subcomplex. In addition, several assembly factors (AFs) are absent from pre-ribosomes or in altered conformations. Consequently, major remodeling events fail to occur: rotation of the 5S RNP, maturation of the peptidyl transferase center (PTC) and the nascent polypeptide exit tunnel (NPET), and export of assembling subunits to the cytoplasm.
リンクNat Commun / PubMed:32719344 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 6.0 Å
構造データ

30108

6m62

EMDB-30108, PDB-6m62:
Cryo-Em structure of eukaryotic pre-60S ribosome subunit from Saccharomyces cerevisiae rpf2 delta 255-344 strain, C4 state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-30109:
Eukaryotic pre-60S ribosomal subunits from Saccharomyces cerevisiae Sda1 depletion strain, E2 state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-30110:
Eukaryotic pre-60S ribosomal subunit from Saccharomyces cerevisiae rpf2delta255-344 strain, C1 state at 6 Angstroms resolution.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-30111:
Eukaryotic pre-60S ribosomal subunit from Saccharomyces cerevisiae rpf2delta255-344 strain, C2 state at 5.9 Angstroms resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

EMDB-30112:
Cryo-EM structure of pre-60S ribosomal subunit from Saccharomyces cerevisiae rpf2 delta 255-344 strain, C3 state at 3.9 Angstroms resolution.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-30113:
Eukaryotic pre-60S ribosomal subunits from Saccharomyces cerevisiae Sda1 depletion strain, E1 state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • Baker's yeast (パン酵母)
キーワードRIBOSOME / pre-60s / Rpf2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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