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タイトルStructural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 367, Issue 6485, Page 1444-1448, Year 2020
掲載日2020年3月27日
著者Renhong Yan / Yuanyuan Zhang / Yaning Li / Lu Xia / Yingying Guo / Qiang Zhou /
PubMed 要旨Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) is the cellular receptor for severe acute respiratory syndrome-coronavirus (SARS-CoV) and the new coronavirus (SARS-CoV-2) that is causing the serious ...Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) is the cellular receptor for severe acute respiratory syndrome-coronavirus (SARS-CoV) and the new coronavirus (SARS-CoV-2) that is causing the serious coronavirus disease 2019 (COVID-19) epidemic. Here, we present cryo-electron microscopy structures of full-length human ACE2 in the presence of the neutral amino acid transporter BAT1 with or without the receptor binding domain (RBD) of the surface spike glycoprotein (S protein) of SARS-CoV-2, both at an overall resolution of 2.9 angstroms, with a local resolution of 3.5 angstroms at the ACE2-RBD interface. The ACE2-BAT1 complex is assembled as a dimer of heterodimers, with the collectrin-like domain of ACE2 mediating homodimerization. The RBD is recognized by the extracellular peptidase domain of ACE2 mainly through polar residues. These findings provide important insights into the molecular basis for coronavirus recognition and infection.
リンクScience / PubMed:32132184 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 4.5 Å
構造データ

30039

6m17

EMDB-30039, PDB-6m17:
The 2019-nCoV RBD/ACE2-B0AT1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

30040

6m18

EMDB-30040, PDB-6m18:
ACE2-B0AT1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

30041

6m1d

EMDB-30041, PDB-6m1d:
ACE2-B0AT1 complex, open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-30042:
cryo_EM map of the complex of the RBD of 2019-nCoV with the ACE2-B0AT1 complex, focused refined on extracellular region of ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-30043:
Cryo_EM map of the complex of the RBD of 2019-nCoV with the ACE2-B0AT1 complex, focused refined on transmembrane region of ACE2-B0AT1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-30044:
cryo EM map of ACE2-B0AT1 complex, focused refined on extracellular region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-30045:
Cryo EM map of the ACE2-B0AT1 complex, focused refined on transmembrane region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-30046:
Cryo EM map of the complex of the RBD of 2019-nCoV with the ACE2-B0AT1 complex, focused refined at the interface between RBD and ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-31252: cryo EM map of Erastin-bound xCT-4F2hc complex, focused refined on transmembrane region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-LEU:
LEUCINE / ロイシン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN/VIRAL PROTEIN / 2019-nCoV RBD / ACE2-B0AT1 complex / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-VIRAL PROTEIN complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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