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タイトルStructural insight into nucleosome transcription by RNA polymerase II with elongation factors.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 363, Issue 6428, Page 744-747, Year 2019
掲載日2019年2月15日
著者Haruhiko Ehara / Tomoya Kujirai / Yuka Fujino / Mikako Shirouzu / Hitoshi Kurumizaka / Shun-Ichi Sekine /
PubMed 要旨RNA polymerase II (RNAPII) transcribes chromosomal DNA that contains multiple nucleosomes. The nucleosome forms transcriptional barriers, and nucleosomal transcription requires several additional ...RNA polymerase II (RNAPII) transcribes chromosomal DNA that contains multiple nucleosomes. The nucleosome forms transcriptional barriers, and nucleosomal transcription requires several additional factors in vivo. We demonstrate that the transcription elongation factors Elf1 and Spt4/5 cooperatively lower the barriers and increase the RNAPII processivity in the nucleosome. The cryo-electron microscopy structures of the nucleosome-transcribing RNAPII elongation complexes (ECs) reveal that Elf1 and Spt4/5 reshape the EC downstream edge and intervene between RNAPII and the nucleosome. They facilitate RNAPII progression through superhelical location SHL(-1) by adjusting the nucleosome in favor of the forward progression. They suppress pausing at SHL(-5) by preventing the stable RNAPII-nucleosome interaction. Thus, the EC overcomes the nucleosomal barriers while providing a platform for various chromatin functions.
リンクScience / PubMed:30733384
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 7.9 Å
構造データ

0671

6j4w

EMDB-0671, PDB-6j4w:
RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-5) of the nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

0672

6j4x

EMDB-0672, PDB-6j4x:
RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (+1A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

0673

6j4y

EMDB-0673, PDB-6j4y:
RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (+1B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

0674

6j4z

EMDB-0674, PDB-6j4z:
RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

0675

6j50

EMDB-0675, PDB-6j50:
RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (tilted conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

0676

6j51

EMDB-0676, PDB-6j51:
RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome, weak Elf1 (+1 position)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

9713

6ir9

EMDB-9713, PDB-6ir9:
RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • komagataella pastoris (菌類)
  • komagataella phaffii (strain gs115 / atcc 20864) (菌類)
  • komagataella phaffii (strain atcc 76273 / cbs 7435 / cect 11047 / nrrl y-11430 / wegner 21-1) (菌類)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
  • komagataella phaffii (菌類)
キーワードTRANSCRIPTION/RNA/DNA / nucleosome / chromatin / RNA polymerase / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-RNA-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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