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Structure paper

タイトルStructure of the human lipid-gated cation channel TRPC3.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 7, Year 2018
掲載日2018年5月4日
著者Chen Fan / Wooyoung Choi / Weinan Sun / Juan Du / Wei Lü /
PubMed 要旨The TRPC channels are crucially involved in store-operated calcium entry and calcium homeostasis, and they are implicated in human diseases such as neurodegenerative disease, cardiac hypertrophy, and ...The TRPC channels are crucially involved in store-operated calcium entry and calcium homeostasis, and they are implicated in human diseases such as neurodegenerative disease, cardiac hypertrophy, and spinocerebellar ataxia. We present a structure of the full-length human TRPC3, a lipid-gated TRPC member, in a lipid-occupied, closed state at 3.3 Angstrom. TRPC3 has four elbow-like membrane reentrant helices prior to the first transmembrane helix. The TRP helix is perpendicular to, and thus disengaged from, the pore-lining S6, suggesting a different gating mechanism from other TRP subfamily channels. The third transmembrane helix S3 is remarkably long, shaping a unique transmembrane domain, and constituting an extracellular domain that may serve as a sensor of external stimuli. We identified two lipid-binding sites, one being sandwiched between the pre-S1 elbow and the S4-S5 linker, and the other being close to the ion-conducting pore, where the conserved LWF motif of the TRPC family is located.
リンクElife / PubMed:29726814 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 Å
構造データ

7620

6cud

EMDB-7620, PDB-6cud:
Structure of the human TRPC3 in a lipid-occupied, closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-6OE:
(2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate / (-)-D-1,2-ジヘキサノイン3-(2-アミノエチル)水素ホスファ-ト

ChemComp-FGJ:
(2R)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexanoate / 2-O,3-O-ジカプロイル-L-グリセロ-ル

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Canonical transient receptor potential 3 (TRPC3) lipid-sensitive non-selective cation channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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