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タイトルFragMAXapp: crystallographic fragment-screening data-analysis and project-management system.
ジャーナル・号・ページActa Crystallogr D Struct Biol, Vol. 77, Page 799-808, Year 2021
掲載日2020年9月23日 (構造データの登録日)
著者Lima, G.M.A. / Jagudin, E. / Talibov, V.O. / Benz, L.S. / Marullo, C. / Barthel, T. / Wollenhaupt, J. / Weiss, M.S. / Mueller, U.
リンクActa Crystallogr D Struct Biol / PubMed:34076593
手法X線回折
解像度1.02 - 1.98 Å
構造データ

PDB-5roc:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo65
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.523 Å

PDB-5rod:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo71
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.04 Å

PDB-5roe:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5rof:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen C11a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.08 Å

PDB-5rog:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo51
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.08 Å

PDB-5roh:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo61
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.04 Å

PDB-5roi:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo30
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.05 Å

PDB-5roj:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo59
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.02 Å

PDB-5rok:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo37
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.04 Å

PDB-5rol:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen B5a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.22 Å

PDB-5rom:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo45
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.07 Å

PDB-5ron:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen E4a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.22 Å

PDB-5roo:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo73
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

PDB-5rop:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen A12a at Room Temperature
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.64 Å

PDB-5roq:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen A12a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.02 Å

PDB-5ror:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen F1a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.22 Å

PDB-5ros:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo34
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-5rot:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.05 Å

PDB-5rou:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo72
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.06 Å

PDB-5rov:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo62
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.04 Å

PDB-5row:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen F6a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.21 Å

PDB-5rox:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo24
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.12 Å

PDB-5roy:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo22
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.05 Å

PDB-5roz:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo41
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.14 Å

PDB-5rp0:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo57
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.03 Å

PDB-5rp1:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo36
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.11 Å

PDB-5rp2:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo20
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.1 Å

PDB-5rp3:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo14
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.09 Å

PDB-5rp4:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo70
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.05 Å

PDB-5rp5:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo48
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.09 Å

PDB-5rp6:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen C2a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.17 Å

PDB-5rp7:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen D12a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-5rp8:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo46
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.03 Å

PDB-5rp9:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen B7a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.48 Å

PDB-5rpa:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen E3a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-5rpb:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo68
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.64 Å

PDB-5rpc:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen H3a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.23 Å

PDB-5rpd:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen F12a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.02 Å

PDB-5rpe:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo40
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.02 Å

PDB-5rpf:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo27
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.39 Å

PDB-5rpg:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen H2a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5rph:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen A11a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

PDB-5rpi:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo26
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.03 Å

PDB-5rpj:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen B12a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.27 Å

PDB-5rpk:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen B9a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-5rpl:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen C8a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.09 Å

PDB-5rpm:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K changed state model for fragment Frag Xtal Screen H5a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.22 Å

PDB-5rpn:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo64
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.02 Å

PDB-5rpo:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo7
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5rpp:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo44
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.08 Å

PDB-5rpq:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo32
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.07 Å

PDB-5rpr:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo15
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-5rps:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo60
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.04 Å

PDB-5rpt:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo9
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-5rpu:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo67
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-5rpv:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo35
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.1 Å

PDB-5rpw:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo63
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.02 Å

PDB-5rpx:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo43
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.05 Å

PDB-5rpy:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.09 Å

PDB-5rpz:
PanDDA analysis group deposition -- Proteinase K crystal structure Apo58
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.22 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-4AQ:
2-(1H-indol-3-yl)-N-[(1-methyl-1H-pyrrol-2-yl)methyl]ethanamine

ChemComp-47S:
3-(dimethylamino)benzohydrazide

ChemComp-483:
2-(1H-imidazol-1-yl)-N-(trans-4-methylcyclohexyl)acetamide

ChemComp-47E:
(2R)-(3-chlorophenyl)(hydroxy)ethanoic acid / 3-クロロ-D-マンデル酸

ChemComp-NCA:
NICOTINAMIDE / ニコチンアミド / 薬剤*YM

ChemComp-CLW:
CHLORZOXAZONE / クロルゾキサゾン

ChemComp-46P:
4-methyl-5-(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)-1,3-thiazol-2-amine

ChemComp-F91:
N-(pyridin-4-ylmethyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-amine

ChemComp-YEY:
2-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-1H-pyrrole

ChemComp-47Y:
3-[(4E)-4-imino-5,6-dimethylfuro[2,3-d]pyrimidin-3(4H)-yl]-N,N-dimethylpropan-1-amine

ChemComp-W9J:
N-carbamoyl-L-methionine / N-カルバモイル-L-メチオニン

ChemComp-GGB:
L-CANAVANINE / カナバニン

ChemComp-AMH:
TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID / トラネキサム酸 / 薬剤*YM

ChemComp-L2K:
3-[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]-1,4,6,7-tetrahydroimidazo[2,1-c][1,2,4]triazine

ChemComp-479:
4-oxo-N-[(1S)-1-(pyridin-3-yl)ethyl]-4-(thiophen-2-yl)butanamide

ChemComp-MRZ:
piperidine-1-carboximidamide / ピペリジン-1-カルボアミジン

ChemComp-8G2:
(4-methoxycarbonylphenyl)methylazanium / 4-(アミニオメチル)安息香酸メチル

ChemComp-HBD:
4-HYDROXYBENZAMIDE / 4-ヒドロキシベンズアミド

由来
  • parengyodontium album (菌類)
キーワードHYDROLASE / FragMAX / FragMAXapp / fragment screening / inhibition

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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