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Structure paper

タイトルPanDDA analysis group deposition of Human JMJD1B screened against the DSPL Fragment Library
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2020年3月16日 (構造データの登録日)
著者Snee, M. / Nowak, R. / Johansson, C. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Oppermann, U.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.47 - 2.05 Å
構造データ

PDB-5raa:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM009990a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

PDB-5rab:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001726a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.52 Å

PDB-5rac:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001810a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.73 Å

PDB-5rad:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001568a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-5rae:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001558a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

PDB-5raf:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001559a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-5rag:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001767a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.52 Å

PDB-5rah:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM010032a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-5rai:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with XS040404c
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

PDB-5raj:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with BD009815a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.61 Å

PDB-5rak:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with XS040486b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

PDB-5ral:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with XS039332c
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-5ram:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with XS038544d
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-5ran:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with XS039080d
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-5rao:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001084a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-5rap:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM000707a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-5raq:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001577a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-5rar:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with TD000005c
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-5ras:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with XS036302b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-5rau:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with DA000165b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.73 Å

PDB-5rav:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001763a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-5raw:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM009970a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-5rax:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM010054a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.01 Å

PDB-5ray:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001469a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

PDB-5raz:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM010013a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å

PDB-5rb0:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM010020a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-5rb1:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001700a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.76 Å

PDB-5rb2:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001784a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.52 Å

PDB-5rb3:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with XS039249d
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.53 Å

PDB-5rb4:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001677a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-5rb5:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM010010a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.51 Å

PDB-5rb6:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001569a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

PDB-5rb7:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of JMJD1B in complex with FM001648a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.57 Å

化合物

ChemComp-S3Y:
[(4S)-1-(4-chlorophenyl)-1,2,3-triazolidin-4-yl]methanol

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-S4Y:
(2R,5S)-5-(4-chlorophenyl)oxolane-2-carbohydrazide

ChemComp-O3M:
4-[(3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl)methyl]phenol

ChemComp-AYJ:
2-[cyclohexyl(methylsulfonyl)amino]ethanamide

ChemComp-S5A:
3-[4-(4-hydroxyphenyl)phenyl]propanoic acid

ChemComp-S5G:
(5~{R})-3,4,4-trimethyl-5-(oxidanylamino)-1,3-thiazolidine-2-thione

ChemComp-O3G:
N-benzyl-1-(4-fluorophenyl)methanamine / ベンジル(4-フルオロベンジル)アミン

ChemComp-GX4:
cyclopropyl-[4-(4-fluorophenyl)piperazin-1-yl]methanone

ChemComp-S3M:
(1-methyl-5-phenyl-pyrazol-3-yl)methanol

ChemComp-W77:
2,4-dichloro-N-(pyridin-3-yl)benzamide

ChemComp-N6Y:
3-(pyridin-3-yl)aniline / 3-(3-ピリジニル)アニリン

ChemComp-SNQ:
5-azanyl-2-pyrrol-1-yl-benzenecarbonitrile

ChemComp-S3V:
pyridine-4-carboxylic acid / イソニコチン酸

ChemComp-RYP:
~{N}-methyl-1-pyridin-4-yl-methanamine / N-メチルピリジン-4-メタンアミン

ChemComp-S3S:
ethyl 2-pyridin-4-ylethanoate / 4-ピリジン酢酸エチル

ChemComp-S64:
(3~{a}~{R},7~{a}~{R})-4-(4-methoxyphenyl)-2,3,3~{a},6,7,7~{a}-hexahydrothieno[3,2-c]pyridine

ChemComp-S5J:
2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]ethanenitrile

ChemComp-S9D:
2-[4-[(3~{S})-pyrazolidin-3-yl]phenoxy]pyrimidine

ChemComp-S3J:
2-(4-phenylpiperidin-1-yl)ethanoic acid

ChemComp-HGE:
ethyl 1-pyrazin-2-ylpiperidine-4-carboxylate

ChemComp-S9G:
cyclopropyl-[4-[(2~{S})-oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]methanone

ChemComp-JJ7:
1-{4-[(2-methoxyethyl)amino]piperidin-1-yl}ethan-1-one

ChemComp-S9J:
2-(2-methoxyphenoxy)ethanehydrazide

ChemComp-S9M:
2,4-difluoro-6-[(3S)-pyrazolidin-3-yl]phenol

ChemComp-K0G:
N-phenyl-N'-pyridin-3-ylurea / 1-(3-ピリジル)-3-フェニル尿素

ChemComp-GWA:
~{N}-(3-acetamidophenyl)-2-methoxy-ethanamide

ChemComp-S4V:
~{N}2-pyridin-2-ylbenzene-1,2-diamine

ChemComp-S9P:
2-methyl-1,3-benzoxazol-6-ol / 2-メチル-6-ヒドロキシベンゾオキサゾ-ル

ChemComp-MPV:
1-methyl-3-(thiophen-2-yl)-1H-pyrazol-5-amine / 1-メチル-3-(2-チエニル)-1H-ピラゾ-ル-5-アミン

ChemComp-A6Z:
2-[4-(3-chlorophenyl)piperazin-1-ium-1-yl]ethanenitrile

ChemComp-S9S:
~{N}-[2-(4-fluorophenyl)ethyl]methanesulfonamide

ChemComp-S9V:
1-(4-chlorophenyl)-3-(2-methyl-1-oxidanyl-propan-2-yl)urea

ChemComp-S4D:
(1R,3S)-N-[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-3-methylcyclopentan-1-amine

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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