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タイトルPanDDA analysis group deposition - FPPS screened against the DSI Fragment Library
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2019年3月12日 (構造データの登録日)
著者Petrick, J.K. / Muenzker, L. / von Delft, F. / Jahnke, W.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.41 - 2.2 Å
構造データ

PDB-5qpd:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000293a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-5qpe:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000295a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-5qpf:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000478a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5qpg:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000291a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-5qph:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000315a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-5qpi:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000554a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-5qpj:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000465a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

PDB-5qpk:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000586a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5qpl:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000464a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

PDB-5qpm:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000500a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-5qpn:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000576a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-5qpo:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000574a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-5qpp:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000512a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.48 Å

PDB-5qpq:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000631a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.49 Å

PDB-5qpr:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with XST00001145b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-5qps:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000644a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.61 Å

PDB-5qpt:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000642a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.46 Å

PDB-5qpu:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000733a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.44 Å

PDB-5qpv:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000416a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-5qpw:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000632a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.72 Å

PDB-5qpx:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000534a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-5qpy:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000449a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-5qpz:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000524a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-5qq0:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with XST00000046b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-5qq1:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000699a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-5qq2:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000693a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.73 Å

PDB-5qq3:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000672a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-5qq4:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOPL000276a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-5qq5:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with PKTTA024495b
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-5qq6:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOOA000530a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.94 Å

PDB-5qq7:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOOA000562a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.61 Å

PDB-5qq8:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOOA000563a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-5qq9:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOOA000567a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.61 Å

PDB-5qqa:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOOA000648a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-5qqb:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of T. cruzi FPPS in complex with FMOOA000676a
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-LT7:
~{N}-[[3-(4-methylphenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]methyl]propan-2-amine

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-AWG:
~{N}2-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)benzene-1,2-diamine

ChemComp-AWM:
2-(4-methylpiperazin-1-yl)-1,3-benzothiazole / 1-(2-ベンゾチアゾリル)-4-メチルピペラジン

ChemComp-AWV:
3-(azepan-1-ylmethyl)-1~{H}-indole

ChemComp-LUS:
4-(4-ethylcyclohexyl)morpholine

ChemComp-GQM:
5-methoxy-2-(1~{H}-pyrazol-3-yl)phenol

ChemComp-JGJ:
2-methoxy-N-[(1R)-1-phenylethyl]acetamide / N-[(R)-1-フェニルエチル]-2-メトキシアセトアミド

ChemComp-LUY:
~{N}-(2-phenylethyl)-1~{H}-benzimidazol-2-amine

ChemComp-M0J:
N-[(2S)-2-hydroxypropyl]-N'-phenylurea

ChemComp-LV1:
1-(4-fluorophenyl)-3-(3-hydroxyphenyl)urea

ChemComp-LDV:
3-[(4-methylpiperidin-1-yl)methyl]-1H-indole / 3-(4-メチルピペリジノメチル)-1H-インド-ル

ChemComp-GQP:
1-[(4-fluorophenyl)methyl]benzimidazole / 1-(4-フルオロベンジル)-1H-ベンゾイミダゾ-ル

ChemComp-LV4:
1-[2-(trifluoromethyloxy)phenyl]thiourea

ChemComp-LV7:
~{N}-[2-(aminocarbamoyl)phenyl]ethanamide

ChemComp-LVD:
1-phenylmethoxyurea / N-(ベンジルオキシ)尿素

ChemComp-LVP:
~{N}'-(2-fluorophenyl)-1,2-oxazole-5-carbohydrazide

ChemComp-LVV:
4-[(4-methylphenyl)methyl]-1,4-thiazinane 1,1-dioxide

ChemComp-JHS:
N-[(4-phenyloxan-4-yl)methyl]acetamide

ChemComp-LWA:
(2~{S})-~{N}-(4-aminocarbonylphenyl)oxolane-2-carboxamide

ChemComp-JH7:
1-methyl-5-(phenylamino)-1,2-dihydro-3H-pyrazol-3-one

ChemComp-LWD:
~{N}-quinolin-6-ylbenzamide

ChemComp-JH1:
1-ethyl-N-[(4-fluorophenyl)methyl]-1H-pyrazole-4-carboxamide

ChemComp-AYV:
1-[2-methyl-1,3-bis(oxidanyl)propan-2-yl]-3-phenyl-urea

ChemComp-LWV:
2-morpholin-4-ylaniline / 2-モルホリノアニリン

ChemComp-LX4:
4-cyclopentylcarbonylpiperazin-2-one

ChemComp-MJ4:
(2R)-1-{[(5-methylthiophen-2-yl)methyl]amino}propan-2-ol

ChemComp-LXA:
~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-2-methoxy-ethanamide

ChemComp-LX7:
1-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]thiourea

ChemComp-JJM:
1-methyl-N-(3-methylphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine

ChemComp-LXJ:
(3~{a}~{S},8~{a}~{S})-6-(phenylcarbonyl)-2,3,3~{a},7,8,8~{a}-hexahydropyrrolo[3,4-d]azepin-1-one

ChemComp-LXM:
[(3~{S},3~{a}~{S},8~{b}~{S})-3-(hydroxymethyl)-2,3,3~{a},8~{b}-tetrahydro-[1]benzofuro[3,2-b]pyrrol-1-yl]-phenyl-methanone

ChemComp-LXS:
3-ethyl-1-[(1~{R},8~{S},9~{S},10~{S})-10-oxidanyl-11-oxatricyclo[6.2.1.0^{2,7}]undeca-2(7),3,5-trien-9-yl]imidazolidine-2,4-dione

ChemComp-M0D:
2-[(2R,5R,6S)-5-hydroxy-1,2,4,5,6,7-hexahydro-3H-2,6-methanoazocino[5,4-b]indol-3-yl]acetamide

ChemComp-LZV:
ethyl (6~{R})-3-oxidanylidenespiro[1,2,5,6-tetrahydropyrazolo[1,2-a]pyrazole-7,1'-cyclopentane]-6-carboxylate

ChemComp-LZY:
8-fluoranyl-5-methyl-1,2,3,6-tetrahydro-1,5-benzodiazocin-4-one

由来
  • trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
キーワードTRANSFERASE / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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