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タイトルStructural and functional dissection of the DH and PH domains of oncogenic Bcr-Abl tyrosine kinase.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 8, Issue 1, Page 2101, Year 2017
掲載日2017年12月13日
著者Sina Reckel / Charlotte Gehin / Delphine Tardivon / Sandrine Georgeon / Tim Kükenshöner / Frank Löhr / Akiko Koide / Lena Buchner / Alejandro Panjkovich / Aline Reynaud / Sara Pinho / Barbara Gerig / Dmitri Svergun / Florence Pojer / Peter Güntert / Volker Dötsch / Shohei Koide / Anne-Claude Gavin / Oliver Hantschel /
PubMed 要旨The two isoforms of the Bcr-Abl tyrosine kinase, p210 and p190, are associated with different leukemias and have a dramatically different signaling network, despite similar kinase activity. To ...The two isoforms of the Bcr-Abl tyrosine kinase, p210 and p190, are associated with different leukemias and have a dramatically different signaling network, despite similar kinase activity. To provide a molecular rationale for these observations, we study the Dbl-homology (DH) and Pleckstrin-homology (PH) domains of Bcr-Abl p210, which constitute the only structural differences to p190. Here we report high-resolution structures of the DH and PH domains and characterize conformations of the DH-PH unit in solution. Our structural and functional analyses show no evidence that the DH domain acts as a guanine nucleotide exchange factor, whereas the PH domain binds to various phosphatidylinositol-phosphates. PH-domain mutants alter subcellular localization and result in decreased interactions with p210-selective interaction partners. Hence, the PH domain, but not the DH domain, plays an important role in the formation of the differential p210 and p190 Bcr-Abl signaling networks.
リンクNat Commun / PubMed:29235475 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron) / NMR (溶液) / X線回折
解像度1.647 - 1.652 Å
構造データ

SASDC26:
DH-PH - Dbl-homology domain (DH) and Pleckstrin-homology (PH) of Bcr-Abl tyrosine kinase p210
手法: SAXS/SANS

SASDC36:
DH - Dbl-homology domain of Bcr-Abl tyrosine kinase p210
手法: SAXS/SANS

SASDC46:
PH - Pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl tyrosine kinase p210
手法: SAXS/SANS

PDB-5n6r:
Solution structure of the Dbl-homology domain of Bcr-Abl
手法: SOLUTION NMR

PDB-5n7e:
Crystal structure of the Dbl-homology domain of Bcr-Abl in complex with monobody Mb(Bcr-DH_4).
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.647 Å

PDB-5oc7:
Crystal structure of the pleckstrin-homology domain of Bcr-Abl in complex with monobody Mb(Bcr-PH_4).
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.652 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-IP2:
D-MYO-INOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE / D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Dbl-homology / helical bundle / Bcr-Abl / leukemia / transferase / monobody / pleckstrin-homology / phosphoinositide-binding

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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