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Structure paper

タイトルStructural study of the X-ray-induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water by Steccherinum murashkinskyi laccase: insights into the reaction mechanism.
ジャーナル・号・ページActa Crystallogr D Struct Biol, Vol. 73, Page 388-401, Year 2017
掲載日2016年11月15日 (構造データの登録日)
著者Polyakov, K.M. / Gavryushov, S. / Ivanova, S. / Fedorova, T.V. / Glazunova, O.A. / Popov, A.N. / Koroleva, O.V.
リンクActa Crystallogr D Struct Biol / PubMed:28471364
手法X線回折
解像度1.35 - 1.5 Å
構造データ

PDB-5mej:
Structural study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi. First structure of the series with 3 min total X-ray exposition time.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5mew:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi. Second structure of the series with total exposition time 33 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mhu:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The third structure of the series with total exposition time 63 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mhv:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The fourth structure of the series with total exposition time 93 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mhw:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The fifth structure of the series with total exposition time 123 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mhx:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The sixth structure of the series with total exposition time 153 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mhy:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The seventh structure of the series with total exposition time 183 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mhz:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The 8-th structure of the series with total exposition time 213 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mi1:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The 9-th structure of the series with total exposition time 243 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mi2:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The 10-th structure of the series with total exposition time 273 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mia:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The 11-th structure of the series with total exposition time 303 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mib:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The 12-th structure of the series with total exposition time 333 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mic:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The 13-th structure of the series with total exposition time 363 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mid:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The 14-th structure of the series with total exposition time 393 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mie:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The 15-th structure of the series with total exposition time 423 min.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-5mig:
The study of the X-ray induced enzymatic reduction of molecular oxygen to water for laccase from Steccherinum murashkinskyi.The 16-th structure of the series with total exposition time 453 min. The crystal was quick refreezing before this data collection.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

化合物

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-OXY:
OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • steccherinum murashkinskyi (ニセニクハリタケ)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Multi copper oxidase / laccase / complex with molecular oxygen / molecular oxygen Multi copper oxidase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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