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タイトルThe pathway to GTPase activation of elongation factor SelB on the ribosome.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 540, Issue 7631, Page 80-85, Year 2016
掲載日2016年12月1日
著者Niels Fischer / Piotr Neumann / Lars V Bock / Cristina Maracci / Zhe Wang / Alena Paleskava / Andrey L Konevega / Gunnar F Schröder / Helmut Grubmüller / Ralf Ficner / Marina V Rodnina / Holger Stark /
PubMed 要旨In all domains of life, selenocysteine (Sec) is delivered to the ribosome by selenocysteine-specific tRNA (tRNA) with the help of a specialized translation factor, SelB in bacteria. Sec-tRNA recodes ...In all domains of life, selenocysteine (Sec) is delivered to the ribosome by selenocysteine-specific tRNA (tRNA) with the help of a specialized translation factor, SelB in bacteria. Sec-tRNA recodes a UGA stop codon next to a downstream mRNA stem-loop. Here we present the structures of six intermediates on the pathway of UGA recoding in Escherichia coli by single-particle cryo-electron microscopy. The structures explain the specificity of Sec-tRNA binding by SelB and show large-scale rearrangements of Sec-tRNA. Upon initial binding of SelB-Sec-tRNA to the ribosome and codon reading, the 30S subunit adopts an open conformation with Sec-tRNA covering the sarcin-ricin loop (SRL) on the 50S subunit. Subsequent codon recognition results in a local closure of the decoding site, which moves Sec-tRNA away from the SRL and triggers a global closure of the 30S subunit shoulder domain. As a consequence, SelB docks on the SRL, activating the GTPase of SelB. These results reveal how codon recognition triggers GTPase activation in translational GTPases.
リンクNature / PubMed:27842381
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 5.3 Å
構造データ

4121

5lza

EMDB-4121, PDB-5lza:
Structure of the 70S ribosome with SECIS-mRNA and P-site tRNA (Initial complex, IC)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

4122

5lzb

EMDB-4122, PDB-5lzb:
Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the initial binding state (IB)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

4123

5lzc

EMDB-4123, PDB-5lzc:
Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the codon reading state (CR)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

4124

5lzd

EMDB-4124, PDB-5lzd:
Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the GTPase activated state (GA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

4125

5lze

EMDB-4125, PDB-5lze:
Structure of the 70S ribosome with Sec-tRNASec in the classical pre-translocation state (C)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

4126

5lzf

EMDB-4126, PDB-5lzf:
Structure of the 70S ribosome with fMetSec-tRNASec in the hybrid pre-translocation state (H)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン / N-ホルミルメチオニン

ChemComp-SEC:
SELENOCYSTEINE / セレノシステイン / セレノシステイン

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM / 5'-Guanylyl imidodiphosphate

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / decoding / recoding / selenocysteine (セレノシステイン)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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